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GENOMIC AND EPIDEMIOLOGICAL SURVEILLANCE OF ZIKA VIRUS IN THE AMAZON REGION
Giovanetti, Marta et al. | Date Issued: 2020
Author
Giovanetti, Marta
Faria, Nuno Rodrigues
Lourenço, José
Jesus, Jaqueline Goes de
Xavier, Joilson
Claro, Ingra Morales
Kraemer, Moritz U. G.
Fonseca, Vagner
Dellicour, Simon
Thézé, Julien
Salles, Flavia da Silva
Gräf, Tiago
Silveira, Paola Paz
Nascimento, Valdinete Alves do
Souza, Victor Costa de
Iani, Felipe Campos de Melo
Martins, Emerson Augusto Castilho
Cruz, Laura Nogueira
Wallau, Gabriel
Fabri, Allison
Levy, Flávia
Quick, Joshua
Azevedo, Vasco de
Aguiar, Renato Santana
Oliveira, Tulio de
Menezes, Camila Bôtto de
Castilho, Marcia da Costa
Terra, Tirza Matos
Silva, Marineide Souza da
Filippis, Ana Maria Bispo de
Abreu, Andre Luiz de
Oliveira, Wanderson Kleber
Croda, Julio
Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e
Nunes, Marcio R. T.
Sabino, Ester Cerdeira
Loman, Nicholas
Naveca, Felipe Gomes
Pybus, Oliver G.
Alcantara, Luiz Carlos
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of Oxford, Department of Zoology. Oxford, UK.
University of Oxford, Department of Zoology. Oxford, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade de Sao Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brasil.
University of Oxford, Department of Zoology. Oxford, UK.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZuluNata. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Universite Libre de Bruxelles. Spatial Epidemiology Lab. Bruxelles, Belgium / Rega Institute. Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology. KU Leuven, Department of Microbiology and Immunology. Leuven, Belgium.
University of Oxford, Department of Zoology. Oxford, UK.
Universidade de Sao Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazonia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazonia. Manaus, AM, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal do Amapá. Faculdade de Medicina. Macapá, AM, Brasil.
Ministério da Saúde. (CGLAB/SVS-MS). Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
University of Birmingham. Institute of Microbiology and Infection. Birmingham, UK.
Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
University of KwaZuluNatal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Medicina Tropical Doutor Heitor Vieira Dourado. Departamento de Virologia. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério da Saúde. (CGLAB/SVS-MS). Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilancia em Saúde. Brasília, DF, Brasil
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Departamento de Vigilância de Doenças Transmissíveis. Brasília, DF, Brasil.
Organização Mundial da Saúde. Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Centro de Inovações Tecnológicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brasil.
University of Birmingham. Institute of Microbiology and Infection. Birmingham, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal de Minas Gerais. ICB. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Abstract
Zika virus (ZIKV) has caused an explosive epidemic linked to severe clinical outcomes in the Americas. As of June 2018, 4,929 ZIKV suspected infections and 46 congenital syndrome cases had been reported in Manaus, Amazonas, Brazil. Although Manaus is a key demographic hub in the Amazon region, little is known about the ZIKV epidemic there, in terms of both transmission and viral genetic diversity. Using portable virus genome sequencing, we generated 59 ZIKV genomes in Manaus. Phylogenetic analyses indicated multiple introductions of ZIKV from northeastern Brazil to Manaus. Spatial genomic analysis of virus movement among six areas in Manaus suggested that populous northern neighborhoods acted as sources of virus transmission to other neighborhoods. Our study revealed how the ZIKV epidemic was ignited and maintained within the largest urban metropolis in the Amazon. These results might contribute to improving the public health response to outbreaks in Brazil.
Keywords in Portuguese
Vigilância genômica
Vigilância epidemiológica
Zika Vírus
Região Amazônica
 
Keywords
Genomic Surveillance
Epidemiological Surveillance
Zika Virus
Amazon Region
 
Publisher
Elsevier (Cell Press)
Citation
GIOVANETTI, Marta et al. Genomic and Epidemiological Surveillance of Zika Virus in the Amazon Region. Cell Reports, v. 30, p. 2275-2283, Feb. 2020.
DOI
10.1016/j.celrep.2020.01.085
ISSN
2211-1247