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Title: Estudo temporal e dinâmica da diversidade do HIV-1 no Rio de Janeiro
Advisor: Guimarães, Monick Lindenmeyer
Members of the board: Vicente, Ana Carolina Paulo
Casseb, Jorge Simão do Rosário
Soares, Esmeralda Augusta Jadim Machado
Tanuri, Amilcar
Bou-Habib, Dumith Chequer
Authors: Pimentel, Victor Figueiredo
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: Estudos de epidemiologia molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV-1) realizados no Rio de Janeiro permitiram identificar predominantemente a cocirculação dos subtipos B, da variante B” do subtipo B, F1 e formas recombinantes 20 BF1. Sendo assim, o objetivo desse estudo era traçar a dinâmica temporal dos subtipos e formas recombinantes de HIV-1 em diferentes categorias de exposição ao risco: heterossexuais (HET), bissexuais (BIS) e usuário de drogas injetáveis (UDI) em dois distintos períodos [(1990-92) e (2006-2010)] da epidemia de Aids no Rio de Janeiro. A casuística deste trabalho era composta por indivíduos HIV-1 soropositivos de dois distintos períodos da epidemia de HIV/AIDS, sendo o primeiro de amostras coletas entre 1990-92 (n=130) e o segundo composto por amostras de pacientes diagnosticados entre 2006-2010 (n=88). A subtipagem das amostras foi realizada através da filogenia pelo método de NJ com correção K2p (MEGA 4.0) e a recombinação avaliada pelo bootscan (Simplot 3.2), análise de pontos e árvore de fragmentos. Para entendermos a dinâmica das assinaturas moleculares do subtipo B no topo da alça v3 e a sua distribuição nas distintas categorias exposição de risco realizamos a análise Bayesiana (MrBayes). A análise filogenética da região da gp120 foi realizada para o primeiro período e evidenciou uma prevalência do subtipo B (90%) seguida pelo subtipo F1 (8%) e BF1 (2%). No segundo período do estudo identificamos a seguinte prevalência: (84%) do subtipo B, (9%) F1, (3.5%) C, (2.3%) BF1 e (1.2%) subtipo A. Em geral, das amostras 95 de HET e BIS caracterizadas como subtipo B no primeiro período, 40% tinham a assinatura GPG, 43% GWG e 17% GXG. Na segunda coorte, o subtipo B foi detectado em 74 amostras sendo: 62% GPG, 23% GWG e 15% GXG. A distribuição das variantes do subtipo B do HIV-1 nos dois períodos foi respectivamente: HET (GPG) [60%-69%], (GWG) [20%-13%] e (GXG) [20%-19%] e BIS (GPG) [25%-57%], (GWG) [61%-31%], (GXG) [14%-12%]. O estudo das redes de transmissão dos subtipo B realizado com as amostras do primeiro do estudo que nos permitiu detectar uma distribuição não aleatória destas segundo a categoria de exposição ao risco e assinaturas do topo do v3. De um subconjunto de 79 amostras de ambas coortes, que foram caracterizadas na região da polimerase, 8% apresentaram um perfil de recombinação, sendo estas caracterizadas majoritariamente como URFs e apenas uma amostra CRF40_BF-like. Nossos achados indicam uma redução na frequência da variante B” ao longo do tempo, e sugere que a introdução da variante B” no Rio de Janeiro estava relacionado ao grupo dos BIS.
Abstract: Human Immunodeficiency virus (HIV-1) molecular epidemiology studies carried out in Rio de Janeiro, Brazil, have identified the predominance of the co-circulation of subtypes B, B” variant, F1 and BF1 recombinants. Thus, the aim of this study was trace the temporal dynamic of subtypes and recombinants forms of the HIV-1 in different exposure categories: heterosexuals (HET), bisexuals (BIS) and injecting drug users (IDU) in two distinct periods [(1990-1992) and (2006-2010)] of the AIDS epidemic in Rio de Janeiro. The subjects of this study were composed of HIV-1 seropositive individuals from two distinct periods of the HIV/AIDS epidemic. The first samples were collected from 1990-1992 (n = 130) and the second batch of samples from patients diagnosed between 2006-2010 (n = 88). The subtyping of the samples was performed by the method of phylogeny NJ with K2p correction (MEGA 4.0) and the recombination was evaluated by bootscan (Simplot 3.2), point analysis and tree fragments. To understand the dynamics of molecular signatures of subtype B on the motif at the tip of the V3 loop, and its distribution in the different exposure categories, we applied the Bayesian analysis (MrBayes). Phylogenetic analysis of gp120 region was performed for the first period and a prevalence of subtype B (90%)was observed, followed by subtype F1 (8%) and BF1 (2%). In the second period of the study we identified the following prevalence: (84%) subtype B, (9%) F1, (3.5%) C, (2.3%) BF1 and (1.2%) of subtype A. Overall, 95 samples 22 from HET and BIS were characterized as subtype B in the first period, 40% were GPG, 43% GWG and 17% GXG. In the second cohort, subtype B was detected in 74 samples: GPGR (62%), GWGR (23%), and GXGR (15%). The distribution of the HIV-1 subtype B variants in the two periods were, respectively: HET (GPG) [60%-69%], (GWG) [20%-13%] e (GXG) [20%-19%] e BIS (GPG) [25%-57%], (GWG) [61%-31%], (GXG) [14%-12%].The study of subtype B transmission network carried out within the samples from the first period of this study allowed us to detect a non random distribution, such as the category exposure and signatures from the top of v3. From a subset of 79 samples from both cohorts, which were analyzed in the polymerase region, 8% showed a recombination profile and were characterized mostly as URFs, with only one sample characterized as CRF40_BF-like. Our findings indicate a reduction of the frequency for the B” variant over time and suggest that the introduction of the B” variant in Rio Janeiro was possibly related to the BIS group.
DeCS: HIV-1
Epidemiologia Molecular/estatística & dados numéricos
Epidemiologia Descritiva
Estudos de Casos e Controles
Fatores de Risco
Brasil /epidemiologia
Issue Date: 2011
Citation: PIMENTEL, V. F. Estudo temporal e dinâmica da diversidade do HIV-1 no Rio de Janeiro. 2011. 106f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 2011
Date of defense: 2011-03-28
Place of defense: Rio de Janeiro / RJ
Department: Pós-graduação em Biologia Parasitária
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-graduação em Biologia Parasitária
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBP - Dissertações de Mestrado

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