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ASSOCIATION OF NOD2 AND IFNG SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS WITH LEPROSY IN THE AMAZON ETHNIC ADMIXED POPULATION
NOD2
IFNG
Associação
Polimorfismos de nucleotídeos
Etnia amazônica
Amazônia
População
NOD2
IFNG
Association
Single nucleotide polymorphisms
Amazon ethnic admixed population
Author
Affilliation
Universidade do Estado do Amazonas. Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical. Manaus, AM, Brasil / Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Universidad Franz Tamayo/UNIFRANZ. Coordinación de Investigación. La Paz, Bolivia / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Laboratório de Diagnóstico por DNA. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil / Universidade do Estado do Amazonas. Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical. Manaus, AM, Brasil / Universidade Nilton Lins. Curso de Medicina. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Universidad Franz Tamayo/UNIFRANZ. Coordinación de Investigación. La Paz, Bolivia / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Laboratório de Diagnóstico por DNA. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Alfredo da Matta. Laboratório de Biologia Molecular. Manaus, AM, Brasil / Universidade do Estado do Amazonas. Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical. Manaus, AM, Brasil / Universidade Nilton Lins. Curso de Medicina. Manaus, AM, Brasil.
Abstract
Leprosy is a chronic infectious disease, caused by Mycobacterium leprae, which affects skin and peripheral nerves. Polymorphisms in genes associated with autophagy, metabolism, innate and adaptive immunity confer susceptibility to leprosy. However, these associations need to be confirmed through independent replication studies in different ethnicities. The population from Amazon state (northern Brazil) is admixed and it contains the highest proportion of Native American genetic ancestry in Brazil. We conducted a case-control study for leprosy in which we tested fourteen previously associated SNPs in key immune response regulating genes: TLR1 (rs4833095), NOD2 (rs751271, rs8057341), TNF (rs1800629), IL10 (rs1800871), CCDC122/LACC1 (rs4942254), PACRG/PRKN (rs9356058, rs1040079), IFNG (rs2430561), IL6 (rs2069845), LRRK2 (rs7298930, rs3761863), IL23R (rs76418789) and TYK2 (rs55882956). Genotyping was carried out by allelic discrimination in 967 controls and 412 leprosy patients. Association with susceptibility was assessed by logistic regression analyses adjusted for the following covariates: gender, age and ancestry. Genetic ancestry was similar in case and control groups. Statistically significant results were only found for IFNG and NOD2. The rs8057341 polymorphism within NOD2 was identified as significant for the AA genotype (OR = 0.56; 95% CI, 0.37–0.84; P = 0.005) and borderline for the A allele (OR = 0.76; 95% CI, 0.58–1.00; P = 0.053) and carrier (OR = 0.76; 95% CI, 0.58–1.00; P = 0.051). The rs2430561 SNP in IFNG was associated with disease susceptibility for the AT genotype (OR = 1.40; 95% CI, 1.06–1.85; P = 0.018) and carrier (OR = 1.44; 95% CI, 1.10–1.88; P = 0.008). We confirmed that NOD2 and IFNG are major players in immunity against M.leprae in the Amazon ethnic admixed population.
Keywords in Portuguese
HanseníaseNOD2
IFNG
Associação
Polimorfismos de nucleotídeos
Etnia amazônica
Amazônia
População
Keywords
LeprosyNOD2
IFNG
Association
Single nucleotide polymorphisms
Amazon ethnic admixed population
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