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COVID-19 IN AMAZONAS, BRAZIL, WAS DRIVEN BY THE PERSISTENCE OF ENDEMIC LINEAGES AND P.1 EMERGENCE
Coronavírus
SARS-CoV-2
Variante P.1
Contágio
Amazonas
Brasil
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/
Author
Affilliation
Abstract in Portuguese
Aponta as causas do crescimento do número de casos de Covid-19 no Amazonas e das sucessivas substituições de linhagens do Sars-CoV-2. O estudo indicou que esses fatores foram impulsionados por uma combinação de diminuições das medidas de distanciamento social e pelo surgimento de uma forma mais transmissível do vírus, a variante P.1, identificada em meados de novembro de 2020. Essa variante causou um aumento exponencial da doença, o que estabeleceu a segunda onda da epidemia no estado.
Abstract
The northern state of Amazonas is among the regions in Brazil most heavily affected by the COVID-19 epidemic and has experienced two exponentially growing waves, in early and late 2020. Through a genomic epidemiology study based on 250 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genomes from different Amazonas municipalities sampled between March 2020 and January 2021, we reveal that the first exponential growth phase was driven mostly by the dissemination of lineage B.1.195, which was gradually replaced by lineage B.1.1.28 between May and June 2020. The second wave coincides with the emergence of the variant of concern (VOC) P.1, which evolved from a local B.1.1.28 clade in late November 2020 and replaced the parental lineage in <2 months. Our findings support the conclusion that successive lineage replacements in Amazonas were driven by a complex combination of variable levels of social distancing measures and the emergence of a more transmissible VOC P.1 virus. These data provide insights to understanding the mechanisms underlying the COVID-19 epidemic waves and the risk of dissemination of SARS-CoV-2 VOC P.1 in Brazil and, potentially, worldwide.
Keywords in Portuguese
COVID-19Coronavírus
SARS-CoV-2
Variante P.1
Contágio
Amazonas
Brasil
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
Publisher
Nature
Citation
NAVECA, Felipe Gomes et al. COVID-19 in Amazonas, Brazil, was driven by the persistence of endemic lineages and P.1 emergence. Nature Medicine, p. 1-17, 2021.DOI
10.1038/s41591-021-01378-7ISSN
1078-8956Notes
Os pesquisadores fazem parte da Rede Genômica Fiocruz e de instituições parceiras.A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/
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