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Title: Genomic monitoring of the SARS-CoV-2 B1.1.7 (WHO VOC Alpha) in the Sao Paulo state, Brazil
Authors: Slavov, Svetoslav Nanev
Bezerra, Rafael dos Santos
Rodrigues, Evandra Strazza
Santos, Elaine Vieira
Borges, Joseane Serrano
de la Roque, Débora Glenda Lima
Patané, José Salvatore Leister
Lima, Alex Ranieri Jerônimo
Ribeiro, Gabriela
Viala, Vincent Louis
Lima, Loyze Paola Oliveira de
Martins, Antonio Jorge
Barros, Claudia Renata dos Santos
Marqueze, Elaine Cristina
Bernardino, Jardelina de Souza Todão
Moretti, Debora Botequio
Brassaloti, Ricardo Augusto
Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos
Mariani, Pilar Drummond Sampaio Corrêa
Kitajima, João Paulo
Santos, Bibiana
Assato, Patricia Akemi
Costa, Felipe Allan da Silva da
Poleti, Mirele Daiana
Lesbon, Jessika Cristina Chagas
Mattos, Elisangela Chicaroni
Banho, Cecilia Artico
Sacchetto, Lívia
Moraes, Marília Mazzi
Grotto, Rejane Maria Tommasini
Souza Neto, Jayme A.
Giovanetti, Marta
Alcântara, Luiz Carlos Junior de
Nogueira, Maurício Lacerda
Fukumasu, Heidge
Coutinho, Luiz Lehmann
Calado, Rodrigo Tocantins
Machado Neto, Raul
Covas, Dimas Tadeu
Sampaio, Sandra Coccuzzo
Elias, Maria Carolina
Kashima, Simone
Affilliation: Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil.
NGS Soluções Genômicas. Piracicaba, SP, Brasil.
Mendelics Análise Genômica SA. Sao Paulo, SP, Brasil.
Mendelics Análise Genômica SA. Sao Paulo, SP, Brasil.
Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil.
Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.
Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.
Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.
Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.
Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil / Faculdade de Medicina de Botucatu. Hospital de Clínicas de Botucatu. Laboratório de Biotecnologia Aplicada. Laboratório de Biologia Molecular. Botucatu, SP, Brasil.
Universidade do Estado de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Escola de Medicina de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Departamento de Medicina Veterinária. Pirassununga, SP, Brasil.
NGS Soluções Genômicas. Piracicaba, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil / Instituto Butantan, São Paullo, SP, Brasil / Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil / Instituto Butantan, São Paullo, SP, Brasil / Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto.. Ribeirão Preto, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade de São Paulo. Escola de Medicina de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil.
Abstract: The SARS-CoV-2 alpha VOC (also known as lineage B.1.1.7) initially described in the autumn, 2020 in UK, rapidly became the dominant lineage across much of Europe. Despite multiple studies reporting molecular evidence suggestive of its circulation in Brazil, much is still unknown about its genomic diversity in the state of S˜ao Paulo, the main Brazilian economic and transportation hub. To get more insight regarding its transmission dynamics into the State we performed phylogenetic analysis on all alpha VOC strains obtained between February and August 2021 from the Sao Paulo state Network for Pandemic Alert of Emerging SARS-CoV-2 variants. The performed phylogenetic analysis showed that most of the alpha VOC genomes were interspersed with viral strains sampled from different Brazilian states and other countries suggesting that multiple independent Alpha VOC introductions from Brazil and overseas have occurred in the S˜ao Paulo State over time. Nevertheless, large monophyletic clusters were also observed especially from the Central-West part of the S˜ao Paulo State (the city of Bauru) and the metropolitan region of the S˜ao Paulo city. Our results highlight the Alpha VOC molecular epidemiology in the S˜ao Paulo state and reinforce the need for continued genomic surveillance strategies for the real-time monitoring of potential emerging SARS-CoV-2 variants during the ever-growing vaccination process.
Keywords: Genomic surveillance
SARS-CoV-2
Alpha VOC
B.1.1.7
São Paulo
Brazil
keywords: SARS-CoV-2
Vigilância genômica
Alpha VOC
B.1.1.7
São Paulo
Brasil
Issue Date: 2022
Publisher: Elsevier
Citation: SLAVOV, Svetoslav N. et al. Genomic monitoring of the SARS-CoV-2 B1.1.7 (WHO VOC Alpha) in the Sao Paulo state, Brazil. Virus Research, v. 308, 198643, p. 1-7, 2022.
Description: Since January 2020 Elsevier has created a COVID-19 resource centre with free information in English and Mandarin on the novel coronavirus COVID19. The COVID-19 resource centre is hosted on Elsevier Connect, the company's public news and information website. Elsevier hereby grants permission to make all its COVID-19-related research that is available on the COVID-19 resource centre - including this research content - immediately available in PubMed Central and other publicly funded repositories, such as the WHO COVID database with rights for unrestricted research re-use and analyses in any form or by any means with acknowledgement of the original source. These permissions are granted for free by Elsevier for as long as the COVID-19 resource centre remains active.
DOI: 10.1016/j.virusres.2021.198643
ISSN: 0168-1702
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - Artigos de Periódicos
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