| Autor | Giovanetti, Marta | |
| Autor | Slavov, Svetoslav Nanev | |
| Autor | Fonseca, Vagner | |
| Autor | Wilkinson, Eduan | |
| Autor | Tegally, Houriiyah | |
| Autor | Patané, José Salvatore Leister | |
| Autor | Viala, Vincent Louis | |
| Autor | San, James Emmanuel | |
| Autor | Rodrigues, Evandra Strazza | |
| Autor | Santos, Elaine Vieira | |
| Autor | Aburjaile, Flavia | |
| Autor | Xavier, Joilson | |
| Autor | Fritsch, Hegger | |
| Autor | Adelino, Talita Emile Ribeiro | |
| Autor | Pereira, Felicidade | |
| Autor | Leal, Arabela | |
| Autor | Iani, Felipe Campos de Melo | |
| Autor | Pereira, Glauco de Carvalho | |
| Autor | Vazquez, Cynthia | |
| Autor | Sanabria, Gladys Mercedes Estigarribia | |
| Autor | Oliveira, Elaine Cristina de | |
| Autor | Demarchi, Luiz | |
| Autor | Croda, Julio | |
| Autor | Bezerra, Rafael dos Santos | |
| Autor | Lima, Loyze Paola Oliveira de | |
| Autor | Martins, Antonio Jorge | |
| Autor | Barros, Claudia Renata dos Santos | |
| Autor | Marqueze, Elaine Cristina | |
| Autor | Bernardino, Jardelina de Souza Todao | |
| Autor | Moretti, Debora Botequio | |
| Autor | Brassaloti, Ricardo Augusto | |
| Autor | Cassano, Raquel de Lello Rocha Campos | |
| Autor | Mariani, Pilar Drummond Sampaio Corrêa | |
| Autor | Kitajima, João Paulo | |
| Autor | Santos, Bibiana | |
| Autor | Proto-Siqueira, Rodrigo | |
| Autor | Cantarelli, Vlademir Vicente | |
| Autor | Tosta, Stephane | |
| Autor | Nardy, Vanessa Brandão | |
| Autor | Silva, Luciana Reboredo de Oliveira da | |
| Autor | Gómez, Marcela Kelly Astete | |
| Autor | Lima, Jaqueline Gomes | |
| Autor | Ribeiro, Adriana Aparecida | |
| Autor | Guimarães, Natália Rocha | |
| Autor | Watanabe, Luiz Takao | |
| Autor | Silva, Luana Barbosa da | |
| Autor | Ferreira, Raquel da Silva | |
| Autor | Penha, Mara Patricia F. da | |
| Autor | Ortega, María José | |
| Autor | Fuente, Andrea Gómez de la | |
| Autor | Villalba, Shirley | |
| Autor | Torales, Juan | |
| Autor | Gamarra, María Liz | |
| Autor | Aquino, Carolina | |
| Autor | Figueredo, Gloria Patricia Martínez | |
| Autor | Fava, Wellington Santos | |
| Autor | Motta-Castro, Ana Rita C. | |
| Autor | Venturini, James | |
| Autor | Oliveira, Sandra Maria do Vale Leone de | |
| Autor | Gonçalves, Crhistinne Cavalheiro Maymone | |
| Autor | Rossa, Maria do Carmo Debur | |
| Autor | Becker, Guilherme Nardi | |
| Autor | Presibella, Mayra Marinho | |
| Autor | Marques, Nelson Quallio | |
| Autor | Riediger, Irina Nastassja | |
| Autor | Raboni, Sonia | |
| Autor | Coelho, Gabriela Mattoso | |
| Autor | Cataneo, Allan Henrique Depieri | |
| Autor | Zanluca, Camila | |
| Autor | Santos, Claudia Nunes Duarte dos | |
| Autor | Assato, Patricia Akemi | |
| Autor | Costa, Felipe Allan da Silva da | |
| Autor | Poleti, Mirele Daiana | |
| Autor | Lesbon, Jessika Cristina Chagas | |
| Autor | Mattos, Elisangela Chicaroni | |
| Autor | Banho, Cecilia Artico | |
| Autor | Sacchetto, Lívia | |
| Autor | Moraes, Marília Mazzi | |
| Autor | Grotto, Rejane Maria Tommasini | |
| Autor | Souza-Neto, Jayme A. | |
| Autor | Nogueira, Maurício Lacerda | |
| Autor | Fukumasu, Heidge | |
| Autor | Coutinho, Luiz Lehmann | |
| Autor | Calado, Rodrigo Tocantins | |
| Autor | Neto, Raul Machado | |
| Autor | Filippis, Ana Maria Bispo de | |
| Autor | Cunha, Rivaldo Venancio da | |
| Autor | Freitas, Carla | |
| Autor | Peterka, Cassio Roberto Leonel | |
| Autor | Fernandes, Cássia de Fátima Rangel | |
| Autor | Araújo, Wildo Navegantes de | |
| Autor | Said, Rodrigo Fabiano do Carmo | |
| Autor | Almiron, Maria | |
| Autor | Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e | |
| Autor | Lourenço, José | |
| Autor | Oliveira, Tulio de | |
| Autor | Holmes, Edward C. | |
| Autor | Haddad, Ricardo | |
| Autor | Sampaio, Sandra Coccuzzo | |
| Autor | Elias, Maria Carolina | |
| Autor | Kashima, Simone | |
| Autor | Alcantara, Luiz Carlos Junior de | |
| Autor | Covas, Dimas Tadeu | |
| Data de acesso | 2022-05-24T19:42:39Z | |
| Data de disponibilização | 2022-05-24T19:42:39Z | |
| Data do publicação | 2022 | |
| Citação | GIOVANETTI, Marta et al. Genomic epidemiology reveals the impact of national and international restrictions measures on the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil. medRxiv, p. 1–39, 2022. | |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/52861 | |
| Idioma | eng | en_US |
| Editor | medRxiv | |
| Direito Autoral | open access | |
| Palavras-chave | SARS-CoV-2 | pt_BR |
| Palavras-chave | Pandemia por COVID-19 | pt_BR |
| Palavras-chave | Epidemiologia Molecular | pt_BR |
| Palavras-chave | Genômica | pt_BR |
| Palavras-chave | Vigilância em Saúde Pública | pt_BR |
| Palavras-chave | América Latina | pt_BR |
| Título | Genomic epidemiology reveals the impact of national and international restrictions measures on the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil | en_US |
| Tipo do documento | Preprint | |
| Resumo em Inglês | from May 2021 made Latin America a pandemic epicenter. Although SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, important gaps remain in our understanding of virus transmission dynamics at the national scale. Here, we describe the genomic epidemiology of SARS-CoV-2 using near-full genomes sampled from 27 Brazilian states and a bordering country - Paraguay. We show that the early stage of the pandemic in Brazil was characterised by the co-circulation of multiple viral lineages, linked to multiple importations predominantly from Europe, and subsequently characterized by large local transmission clusters. As the epidemic progressed under an absence of effective restriction measures, there was a local emergence and onward international spread of Variants of Concern (VOC) and Variants Under Monitoring (VUM), including Gamma (P.1) and Zeta (P.2). In addition, we provide a preliminary genomic overview of the epidemic in Paraguay, showing evidence of importation from Brazil. These data reinforce the usefulness and need for the implementation of widespread genomic surveillance in South America as a toolkit for pandemic monitoring that provides a means to follow the real-time spread of emerging SARS-CoV-2 variants with possible implications for public health and immunization strategies. | en_US |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Universidade de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil. / KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP). School of Laboratory Medicine and Medical Sciences. College of Health Sciences. University of KwaZulu-Natal. Durban, South Africa. / Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI). School of Data Science and Computational Thinking. Stellenbosch University. Stellenbosch, South Africa. | |
| Afiliação | KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP). School of Laboratory Medicine and Medical Sciences. College of Health Sciences. University of KwaZulu-Natal. Durban, South Africa. / Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI). School of Data Science and Computational Thinking. Stellenbosch University. Stellenbosch, South Africa. | |
| Afiliação | KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP). School of Laboratory Medicine and Medical Sciences. College of Health Sciences. University of KwaZulu-Natal. Durban, South Africa. / Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI). School of Data Science and Computational Thinking. Stellenbosch University. Stellenbosch, South Africa. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP). School of Laboratory Medicine and Medical Sciences. College of Health Sciences. University of KwaZulu-Natal. Durban, South Africa. / Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI). School of Data Science and Computational Thinking. Stellenbosch University. Stellenbosch, South Africa. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Universidad Nacional del Caaguazú. Instituto Regional de Investigación en Salud. Coronel Oviedo, Paraguay. / Laboratorio de Biología Molecular. Hospital Regional de Coronel Oviedo. Coronel Oviedo, Paraguay. / Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social. Coronel Oviedo, Paraguay. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil. | |
| Afiliação | NGS Soluções Genômicas. Piracicaba, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Mendelics Análise Genômica. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Mendelics Análise Genômica. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre. Porto Alegre, RS, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. / Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia. Salvador, BA, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central de Saúde Pública de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil. | |
| Afiliação | Vigilância em Saúde do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay. | |
| Afiliação | Universidad Nacional del Caaguazú. Instituto Regional de Investigación en Salud. Coronel Oviedo, Paraguay. / Laboratorio de Biología Molecular. Hospital Regional de Coronel Oviedo. Coronel Oviedo, Paraguay. / Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social. Coronel Oviedo, Paraguay. | |
| Afiliação | Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Federal de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brasil. | |
| Afiliação | Secretaria de Saúde do Estado do Mato Grosso do Sul. MS, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil. | |
| Afiliação | Laboratório Central do Estado do Paraná. São José dos Pinhais, PR, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Federal do Paraná. Hospital das Clínicas. Curitiba, PR, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Estadual de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade Estadual de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Pirassununga, São Paulo, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Pirassununga, São Paulo, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Pirassununga, São Paulo, Brasil. | |
| Afiliação | Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil | |
| Afiliação | Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil | |
| Afiliação | Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil | |
| Afiliação | Universidade Estadual de São Paulo. Faculdade de Ciências Agrárias. Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia. Botucatu, SP, Brasil. / Universidade Estadual de São Paulo. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu. Laboratório de Biologia Molecular. Botucatu, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto. Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias. Laboratório de Pesquisas em Virologia. São José do Rio Preto, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Pirassununga, São Paulo, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Centro de Genômica Funcional da ESALQ. Piracicaba, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Biomanguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | |
| Afiliação | Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral de Arboviroses. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveis. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil. / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil. / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil. / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Organização Pan-Americana da Saúde. Brasília, DF, Brasil. / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil. | |
| Afiliação | Department of Zoology. Peter Medawar Building. University of Oxford. Oxford, UK. / Universidade de Lisboa. Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas. Lisboa, PT, Portugal. | |
| Afiliação | KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP). School of Laboratory Medicine and Medical Sciences. College of Health Sciences. University of KwaZulu-Natal. Durban, South Africa. / Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI). School of Data Science and Computational Thinking. Stellenbosch University. Stellenbosch, South Africa. / Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA). Durban, South Africa. / Department of Global Health. University of Washington. Seattle, WA, USA. | |
| Afiliação | Sydney Institute for Infectious Diseases. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. University of Sydney. Sydney, NSW, Australia. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. | |
| Afiliação | Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Universidade de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil. | |
| Afiliação | Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brasil. / Instituto Butantan. São Paulo, SP, Brasil. | |
| Palavras-chave em inglês | Molecular Epidemiology | en_US |
| Palavras-chave em inglês | Genomics | en_US |
| Palavras-chave em inglês | Public Health Surveillance | en_US |
| Palavras-chave em espanhol | Epidemiología Molecular | es_ES |
| Palavras-chave em espanhol | Genómica | es_ES |
| Palavras-chave em espanhol | Vigilancia en Salud Pública | es_ES |
| Palavras-chave em francês | Épidémiologie moléculaire | fr_FR |
| Palavras-chave em francês | Génomique | fr_FR |
| Palavras-chave em francês | Surveillance de la santé publique | fr_FR |
| xmlui.metadata.dc.subject.ods | 03 Saúde e Bem-Estar | |
