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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/55259
CARACTERIZAÇÃO E INVESTIGAÇÃO DA EXPRESSÃO DO SISTEMA CRISPR/CAS EM ISOLADOS CLÍNICOS DE ACINETOBACTER BAUMANNII
Sistemas CRISPR-Cas
Proteínas Associadas a CRISPR
Acinetobacter baumannii
Prófagos
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
CRISPR-Cas Systems
CRISPR Associated Proteins
Acinetobacter baumannii
prophages
Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
Sistemas CRISPR-Cas
Proteínas asociadas a CRISPR
Acinetobacter baumannii
profagos
Reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa
Sistemas CRISPR-Cas
Proteínas Associadas a CRISPRclas
Acinetobacter baumanniigenet
Prófagos
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Silva, Adrianne Maria de Albuquerque | Date Issued:
2021
Advisor
Co-advisor
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Abstract in Portuguese
Acinetobacter baumannii é um dos principais patógenos nosocomiais, cujas características contribuem para o desenvolvimento de surtos, principalmente em Unidades de Tratamento Intensivo (UTIs). Dentre os mecanismos de defesa que a espécie dispõe, destaca-se o sistema CRISPR/Cas, que confere aos seus hospedeiros a proteção contra a invasão de elementos genéticos móveis indesejados, como bacteriófagos. O CRISPR ( Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ) corresponde a uma família de DNA repetitivo, presente no genoma de procariotos e arqueas, associados aos genes cas (CRISPR- associated ), que codificam para proteínas com diversas funções. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a expressão do sistema CRISPR/Cas em condições padrão, bem como a conferência de imunidade a bacteriófagos. Os genomas de 14 isolados foram analisados acerca da presença de profagos utilizando a ferramenta Phaster. O alinhamento de sequências através da ferramenta BLASTn contra os bancos de dados NCBI, Uniprot, CRISPRdb e CRISPR Target foi realizado para identificar a origem dos espaçadores nos CRISPR. A ferramenta AcrFinder e o alinhamento por BLASTx com sequências do banco de dados AcrHub, foram utilizados para identificar genes anti-CRISPR ( acr ). Para avaliar a expressão do sistema, foi aplicada a técnica de RT-PCR para os genes cas1 e csy1 , tendo como controle o gene rpoB . Foram identificadas regiões correspondentes a profagos em 13 isolados. Do total de 150 sequências espaçadoras, 48 apresentaram correspondência com bacteriófagos. Nenhum gene acr foi identificado nos genomas analisados. Todos os isolados estudados expressaram os genes cas1 e csy1 . Sete dos 14 genomas possuem uma região de profago e, pelo menos, um espaçador correspondente de forma simultânea. Tais achados sugerem que a defesa promovida pelo CRISPR esteja mantendo os profagos em estado de dormência. No entanto, demais estudos sobre a funcionalidade do sistema são necessários em bactérias de interesse clínico.
Abstract
Acinetobacter baumannii is one of the major nosocomial pathogens, whose characteristics contribute to the development of outbreaks, especially in Intesive Care Units (ICUs). Among this species' defense mechanisms, the CRISPR/Cas system stands out, providing its hosts protection agains unwanted mobile genetic elements invasions, such as bacteriophages. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) corresponds to a family of repetitive DNA, found in prokaryote and archaea's genomes, associated to cas genes, that codify proteins with diverse functions. The present study aimed to evaluate CRISPR/Cas system’s expression under standard growth conditions, as well as its immunization against bacteriophage. The 14 isolates' genomes were analyzed concerning the prophages presence using the Phaster tool. Sequence alignment using the BLASTn tool against NCBI, Uniprot, CRISPRdb and CRISPR Target database was performed to identify the CRISPR's spacers origins. The AcrFinder tool as well as the alignment using BLASTx against sequences obtained from the AcrHub database were performed to identify anti-CRISPR ( acr ) genes. RT-PCR technique was applied to the cas1 and csy1 genes, to evaluate the system's expression, using the rpoB gene as control. Prophage regions could be identified in 13 of the isolates. From the total of 150 spacers sequences, 48 showed similarity to bacteriophages. No acr gene was found in the analyzed genomes. The cas1 and csy1 genes were expressed in all the isolates studied. Prophage regions were identified in seven out of the 14 genomes and at least one correspondent spacer, simultaneously. Those findings suggest that CRISPR defense may keep the prophages dormant. However, it is still necessary other studies regarding the system's functionality in bacterium of clinical interest.
Keywords in Portuguese
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente EspaçadasSistemas CRISPR-Cas
Proteínas Associadas a CRISPR
Acinetobacter baumannii
Prófagos
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Keywords
Clustered Regularly Spaced Short Palindromic RepeatsCRISPR-Cas Systems
CRISPR Associated Proteins
Acinetobacter baumannii
prophages
Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
Keywords in Spanish
Repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente espaciadasSistemas CRISPR-Cas
Proteínas asociadas a CRISPR
Acinetobacter baumannii
profagos
Reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa
DeCS
Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente EspaçadasgenetSistemas CRISPR-Cas
Proteínas Associadas a CRISPRclas
Acinetobacter baumanniigenet
Prófagos
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
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