Author | Santos, Carlos Abelardo dos | |
Author | Silva, Lívia do Carmo | |
Author | Souza Junior, Marcio Neves de | |
Author | Mendes, Geovana de Melo | |
Author | Estrela, Paulo Felipe Neves | |
Author | Oliveira, Kézia Gomes de | |
Author | Curcio, Juliana Santana de | |
Author | Resende, Paola Cristina | |
Author | Siqueira, Marilda Mendonça | |
Author | Pauvolid‑Corrêa, Alex | |
Author | Duarte, Gabriela Rodrigues Mendes | |
Author | Lacerda, Elisângela de Paula Silveira | |
Access date | 2023-02-10T16:30:38Z | |
Available date | 2023-02-10T16:30:38Z | |
Document date | 2022 | |
Citation | SANTOS, Carlos Abelardo dos Santos et al. Detecting lineage‑defining mutations in SARS‑CoV‑2 using colorimetric RT‑LAMP without probes or additional primers. Scientifc Reports, v. 12, 11500, p. 1-9, 2022. | en_US |
ISSN | 2045-2322 | en_US |
URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/57006 | |
Description | A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/ | |
Language | eng | en_US |
Publisher | Nature Portfolio | en_US |
Rights | open access | |
Subject in Portuguese | Linhagem mutações no SARS-CoV-2 | en_US |
Subject in Portuguese | Detectando com uso de RT-LAMP colorimétrico | en_US |
Subject in Portuguese | Sem sondas ou adicionais primers | en_US |
Title | Detecting lineage‑defining mutations in SARS‑CoV‑2 using colorimetric RT‑LAMP without probes or additional primers | en_US |
Type | Article | |
DOI | 10.1038/s41598-022-15368-3 | |
Abstract | Despite the advance of vaccination worldwide, epidemic waves caused by more transmissible and immune evasive genetic variants of SARS-CoV-2 have sustained the ongoing pandemic of COVID-19. Monitoring such variants is expensive, as it usually relies on whole-genome sequencing methods. Therefore, it is necessary to develop alternatives that could help identify samples from specific variants. Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification is a method that has been increasingly used for nucleic acid amplification, as it is cheaper and easier to perform when compared to other molecular techniques. As a proof of concept that can help distinguish variants, we present an RT-LAMP assay capable of detecting samples carrying a group of mutations that can be related to specific SARS-CoV-2 lineages, here demonstrated for the Variant of Concern Gamma. We tested 60 SARS-CoV-2 RNA samples extracted from swab samples and the reaction showed a sensitivity of 93.33%, a specificity of 88.89% and a kappa value of 0.822 for samples with a Ct ≤ 22.93. The RT-LAMP assay demonstrated to be useful to distinguish VOC Gamma and may be of particular interest as a screening approach for variants in countries with poor sequencing coverage. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Laboratório de Referência para COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Laboratório de Referência para COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
Affilliation | Department of Veterinary Integrative Biosciences. Texas A&M University. College Station, TX, USA. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Affilliation | Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil. | en_US |
Subject | Detecting lineage‑defining mutations | en_US |
Subject | SARS‑CoV‑2 | en_US |
Subject | Using colorimetric RT‑LAMP | en_US |
Subject | Without probes or additional primers | en_US |