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- IOC - Artigos de Periódicos [12488]
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DETECTING LINEAGE‑DEFINING MUTATIONS IN SARS‑COV‑2 USING COLORIMETRIC RT‑LAMP WITHOUT PROBES OR ADDITIONAL PRIMERS
Detectando com uso de RT-LAMP colorimétrico
Sem sondas ou adicionais primers
SARS‑CoV‑2
Using colorimetric RT‑LAMP
Without probes or additional primers
Author
Santos, Carlos Abelardo dos
Silva, Lívia do Carmo
Souza Junior, Marcio Neves de
Mendes, Geovana de Melo
Estrela, Paulo Felipe Neves
Oliveira, Kézia Gomes de
Curcio, Juliana Santana de
Resende, Paola Cristina
Siqueira, Marilda Mendonça
Pauvolid‑Corrêa, Alex
Duarte, Gabriela Rodrigues Mendes
Lacerda, Elisângela de Paula Silveira
Silva, Lívia do Carmo
Souza Junior, Marcio Neves de
Mendes, Geovana de Melo
Estrela, Paulo Felipe Neves
Oliveira, Kézia Gomes de
Curcio, Juliana Santana de
Resende, Paola Cristina
Siqueira, Marilda Mendonça
Pauvolid‑Corrêa, Alex
Duarte, Gabriela Rodrigues Mendes
Lacerda, Elisângela de Paula Silveira
Affilliation
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Laboratório de Referência para COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Laboratório de Referência para COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Department of Veterinary Integrative Biosciences. Texas A&M University. College Station, TX, USA.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Laboratório de Referência para COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Laboratório de Referência para COVID-19. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Department of Veterinary Integrative Biosciences. Texas A&M University. College Station, TX, USA.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Química. Goiânia, GO, Brasil.
Universidade Federal de Goiás. Instituto de Ciências Biológicas I. Departamento de Genética. Laboratório de Genética Molecular e Citogenética. Goiânia, GO, Brasil.
Abstract
Despite the advance of vaccination worldwide, epidemic waves caused by more transmissible and immune evasive genetic variants of SARS-CoV-2 have sustained the ongoing pandemic of COVID-19. Monitoring such variants is expensive, as it usually relies on whole-genome sequencing methods. Therefore, it is necessary to develop alternatives that could help identify samples from specific variants. Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification is a method that has been increasingly used for nucleic acid amplification, as it is cheaper and easier to perform when compared to other molecular techniques. As a proof of concept that can help distinguish variants, we present an RT-LAMP assay capable of detecting samples carrying a group of mutations that can be related to specific SARS-CoV-2 lineages, here demonstrated for the Variant of Concern Gamma. We tested 60 SARS-CoV-2 RNA samples extracted from swab samples and the reaction showed a sensitivity of 93.33%, a specificity of 88.89% and a kappa value of 0.822 for samples with a Ct ≤ 22.93. The RT-LAMP assay demonstrated to be useful to distinguish VOC Gamma and may be of particular interest as a screening approach for variants in countries with poor sequencing coverage.
Keywords in Portuguese
Linhagem mutações no SARS-CoV-2Detectando com uso de RT-LAMP colorimétrico
Sem sondas ou adicionais primers
Keywords
Detecting lineage‑defining mutationsSARS‑CoV‑2
Using colorimetric RT‑LAMP
Without probes or additional primers
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