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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/57857
OBTENÇÃO E CARACTERIZAÇÃO DE APTÂMEROS CONTRA ANTÍGENOS E ANTICORPOS DO VÍRUS ZIKA
Zika virus
Técnica de Seleção de Aptâmeros
Diagnóstico
Proteínas não Estruturais Virais
Morais, Liliane Monteiro de | Date Issued:
2022
Author
Comittee Member
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract in Portuguese
O vírus zika (ZIKV) tornou-se um grande problema de saúde pública no início de 2015, quando casos de síndrome de Guillain-Barré e microcefalia foram associados à infecção viral. Atualmente, o ZIKV é endêmico em todas as áreas tropicais do mundo, e a chance de futuras epidemias permanece real, sendo crucial a utilização de testes laboratoriais precisos. O objetivo deste trabalho foi selecionar e caracterizar aptâmeros de DNA fita simples específicos para o ZIKV, para a proteína NS1 do ZIKV e para anticorpos contra a proteína NS1 do ZIKV (anti-NS1z), a fim de utilizá-los em diagnósticos para zika, sem reatividade cruzada com outros flavivírus. Para obter aptâmeros para partícula viral, o ZIKV foi cultivado em células Vero e usado como alvo da seleção. Na seleção dos aptâmeros para NS1z, utilizamos proteínas produzidas em E. Coli (não-glicosilada) e em células de inseto (glicosilada). Os aptâmeros para o anticorpo foram selecionados a partir de um mAb anti-NS1z produzido em Bio Manguinhos. Seleções negativas foram adicionadas às seleções do ZIKV e da NS1z. A seleção dos aptâmeros foi realizada utilizando a metodologia SELEX, onde foram escolhidas quatro sequências de aptâmeros para a partícula viral íntegra; três sequências para a proteína NS1 glicosilada (rNS1zg); duas para a proteína NS1 não glicosilada (rNS1z); e sete para o mAb anti-NS1. Para a predição das estruturas secundárias e terciárias dos aptâmeros, foram utilizados os programas UNAFold, RNAComposer e Chimera, que possibilitaram a seleção de aptâmeros com menor energia livre. No encaixe molecular aptâmero-alvo, realizado pelo HDOCK, foi possível identificar modelos com maior potencial de utilização em testes de diagnóstico. A interação dos aptâmeros foi avaliada por ELISA e suas constantes de dissociação (Kd) foram calculadas por espectroscopia de fluorescência e/ou termoforese em microescala (MST) e/ou calorimetria de titulação isotérmica (ITC). Os ELISAs em placas tratadas com polilisina demonstraram que todos os aptâmeros selecionados foram capazes de reconhecer seus alvos. Nos ELISAs utilizando aptâmeros amino modificados em placas com anidrido maleico, os tampões de bloqueio testados não funcionaram efetivamente, invalidando os testes. A afinidade e a especificidade dos aptâmeros para as partículas do ZIKV foram confirmadas pela MST, demonstrando a ligação dos aptâmeros tanto na partícula viral como na proteína NS1z e não apresentando reatividade com os sorotipos do vírus dengue (DENV). O aptâmero rNS1z_19 demonstrou ser o mais promissor para a proteína NS1z não glicosilada, tanto por espectroscopia de fluorescência como por nano-ITC. Os experimentos de MST e nano-ITC envolvendo aptâmeros para a proteína NS1 e para o mAb precisam ser executados em maiores concentrações. Os aptâmeros ZIK01 e ZIK02, selecionados para a partícula de ZIKV, foram os mais promissores para utilização em ensaios de diagnóstico diferencial entre infecções causada por ZIKV e DENV
Abstract
The Zika virus (ZIKV) became a major public health problem in early 2015, when cases of Guillain-Barré syndrome and microcephaly were associated with viral infection. Currently, ZIKV is endemic in all tropical areas of the world, and the chance of future epidemics remains real, and the use of accurate laboratory tests is crucial. The objective of this work was to select and characterize single-stranded DNA aptamers specific for ZIKV, for the NS1 protein of the ZIKV and for antibodies against the NS1 protein of the ZIKV (anti-NS1z), in order to use them in diagnostic for zika, without cross-reactivity with other flaviviruses. To obtain viral particle aptamers, ZIKV was cultured in Vero cells and used as a selection target. In the selection of aptamers for NS1z, we used proteins produced in E. Coli (non-glycosylated) and in insect cells (glycosylated). The aptamers for the antibody were selected from an anti-NS1z mAb produced in Bio-Manguinhos. Negative selections have been added to the ZIKV and NS1z selections. The selection of aptamers was performed using the SELEX methodology, where four aptamer sequences were chosen for the intact viral particle; three sequences for the glycosylated NS1 protein (rNS1zg); two for non-glycosylated NS1 protein (rNS1z); and seven for the anti-NS1 mAb. For the prediction of secondary and tertiary structures of aptamers, the programs UNAFold, RNAComposer and Chimera were used, which enabled the selection of aptamers with lower free energy. In the aptamer-target molecular fitting, performed by HDOCK, it was possible to identify models with greater potential for use in diagnostic tests. The interaction of aptamers was evaluated by ELISA and their dissociation constants (Kd) were calculated by fluorescence spectroscopy and/or microscale thermophoresis (MST) and/or isothermal titration calorimetry (ITC). ELISAs on polylysine-treated plates demonstrated that all selected aptamers were able to recognize their targets. In ELISAs using amino-modified aptamers on maleic anhydride plates, the blocking buffers tested did not work effectively, invalidating the tests. The affinity and specificity of aptamers for ZIKV particles were confirmed by MST, demonstrating the binding of aptamers to both the viral particle and the NS1z protein and not showing reactivity with dengue virus (DENV) serotypes. The rNS1z_19 aptamer showed to be the most promising for the non-glycosylated NS1z protein, both by fluorescence spectroscopy and by nano-ITC. MST and nano-ITC experiments involving aptamers for the NS1 protein and for the mAb need to be performed at higher concentrations. The aptamers ZIK01 and ZIK02, selected for the ZIKV particle, were the most promising for use in differential diagnosis assays between infections caused by ZIKV and DENV
DeCS
Aptâmeros de NucleotídeosZika virus
Técnica de Seleção de Aptâmeros
Diagnóstico
Proteínas não Estruturais Virais
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