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CARACTERIZAÇÃO GENÉTICA DO SARS-COV-2 NO AMAZONAS
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Abstract in Portuguese
Introdução: Os coronavírus são vírus pertencentes à família Coronaviridae e podem infectar mais de 200 espécies de hospedeiros vertebrados diferentes, causando principalmente manifestações clínicas. Dois coronavírus já foram responsáveis por ocasionar surtos no mundo, sendo eles o SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus) e MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus). Em dezembro de 2019 diversos casos de pneumonia sem etiologia conhecida foram notificados na cidade de Wuhan, na China. Análises genômicas de amostras desses pacientes identificaram a presença de um novo Coronavírus nomeado SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2). A doença causada pelo SARS-CoV-2 foi denominada COVID-19 (Coronavirus disease 2019) e pode causar sintomas como febre, tosse, fadiga, dor de garganta, cefaleia, dificuldade para respirar, diarreia, perda do olfato ou paladar. Em 11 de março de 2020, a OMS (Organização Mundial de Saúde) declarou a COVID-19 como pandemia. O SARS-CoV-2 é um vírus envelopado e esférico, seu genoma é RNA fita simples linear de polaridade positiva. Até o presente momento, existem mais de 770 milhões de casos confirmados e mais de 6 milhões de óbitos no mundo. No Brasil, o número de casos confirmados é de aproximadamente 37 milhões e mais de 705 mil óbitos. No Amazonas, foram confirmados mais de 638 mil casos e mais de 14 mil óbitos (dados obtidos em 10 de outubro de 2023). Objetivo: Diante desse cenário, o objetivo deste trabalho foi descrever a introdução e a dinâmica de circulação das linhagens de SARS-CoV-2 no estado do Amazonas no período de março de 2020 a janeiro de 2021. Metodologia: Para isso, o genoma completo viral foi recuperado através de um protocolo inhouse utilizando a plataforma Illumina. As linhagens de SARS-CoV-2 definidas, identificamos as mutações no genoma dos vírus detectados e caracterizamos a dispersão viral no estado. Resultados: A análise genômica e epidemiológica de 250 genomas de SARS-CoV-2, verificou-se que o primeiro abrupto dos casos se deu principalmente pela dispersão da linhagem B.1.195, que posteriormente foi substituída pela linhagem B.1.1.28. A ocorrência da segunda onda no Amazonas coincidiu com o surgimento da Variante de Preocupação (VOC) P.1 (Gamma). Conclusão: Esses resultados possibilitam maior compreensão sobre a disseminação do SARS-CoV-2 e os mecanismos envolvidos nas ondas da COVID-19.
Abstract
Introduction: Coronaviruses are viruses belonging to the Coronaviridae family and can infect more than 200 different species of vertebrate hosts, mainly causing clinical manifestations. Two coronaviruses have already been responsible for causing outbreaks around the world, namely SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus) and MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus). In December 2019, several cases of pneumonia with no known etiology were reported in the city of Wuhan, China. Genomic analyzes of samples from these patients identified the presence of a new Coronavirus named SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2). The disease caused by SARS-CoV-2 was called COVID-19 (Coronavirus disease 2019) and can cause symptoms such as fever, cough, fatigue, sore throat, headache, difficulty breathing, diarrhea, loss of smell or taste. On March 11, 2020, the WHO (World Health Organization) declared COVID-19 a pandemic. SARS-CoV-2 is an enveloped and spherical virus, its genome is linear single-stranded RNA of positive polarity. To date, there are more than 770 million confirmed cases and more than 6 million deaths worldwide. In Brazil, the number of confirmed cases is approximately 37 million and more than 705 thousand deaths. In Amazonas, more than 638 thousand cases and more than 14 thousand deaths were confirmed (data obtained on October 10, 2023). Objective: Given this scenario, the objective of this work was to describe the introduction and circulation dynamics of SARS-CoV-2 strains in the state of Amazonas in the period from March 2020 to January 2021. Methodology: For this, the complete viral genome was recovered through an in-house protocol using the Illumina platform. The SARS-CoV-2 lineages were defined, we identified the mutations in the genome of the detected viruses and characterized the viral dispersion in the state. Results: The genomic and epidemiological analysis of 250 SARS-CoV-2 genomes revealed that the first abrupt occurrence of cases was mainly due to the dispersion of the B.1.195 lineage, which was later replaced by the B.1.1.28 lineage. The occurrence of the second wave in Amazonas coincided with the emergence of the Variant of Concern (VOC) P.1 (Gamma). Conclusion: These results provide greater understanding of the spread of SARS-CoV-2 and the mechanisms involved in the waves of COVID-19.
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