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A MULTIPLEX NANOPORE SEQUENCING APPROACH FOR THE DETECTION OF MULTIPLE ARBOVIRAL SPECIES
Xavier, Joilson et al. | Date Issued: 2023
Author
Xavier, Joilson
Fonseca, Vagner
Adelino, Talita
Iani, Felipe Campos de Melo
Pereira, Glauco C.
Duarte, Myrian Morato
Lima, Mauricio
Castro, Emerson de
Oliveira, Carla
Fritsch, Hegger
Guimarães, Natalia
Lamounier, Ludmila O.
Barreto, Fernanda Khouri
Oliveira, Camilo M. M. Braga de
Gonçalves, Crhistinne C. Maymone
Lima, Danielle Malta
Oliveira, Elaine C. de
Lichs, Gislene G. de Castro
Gomes, Iago
Mazaro, Janaina
Rodrigues, Janete T. N.
Abrantes, Jayra
Colares, Jeová K. B.
Luz, Kleber G.
Silva, Luana Barbosa da
Demarchi, Luiz
Câmara, Magaly C. B.
Zardin, Marina Castilhos Souza Umaki
Pinheiro, Rafaela Sabatini Mello
Souza, Rutilene Barbosa
Haddad, Simone Kashima
Silva, Stephanni Figueiredo da
Slavov, Svetoslav Nanev
Rocha, Themis
Morel, Noelia
Chiparelli, Hector
Burgueño, Analía
Bórmida, Victoria
Cortinas, María N.
Martín, Rosario S.
Pereira, Allan C.
antos, Marcelo F. dos S.
André Júnior, Walter
Rico, Jairo Mendez
Franco, Leticia
Rosewell, Alexander
Said, Rodrigo F. do Carmo
Albuquerque, Carlos F. C. de
Maciel, Ethel L. Noia
Oliveira, Marília Santini de
Cunha, Rivaldo Venâncio da
Frutuoso, Lívia Carla Vinhal
Filippis, Ana Maria Bispo de
Giovanetti, Marta
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Affilliation
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.
Fundação Ezequiel Dias Laboratório. Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Estado de Minas Gerais. Fundação Ezequiel Dias. Laboratorio Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Universidade Federal da Bahia. Instituto Multidisciplinar em Saúde. Vitória da Conquista, MG, Brazil.
Estado do Acre. Laboratório Central de Saúde Pública. Rio Branco, AC, Brazil.
Estado do Mato Grosso do Sul. Secretaria Estadual de Saúde. Campo Grande, MS, Brazil.
Universidade de Fortaleza. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Fortaleza, CE, Brazil.
Estado do Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brazil.
Estado do Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.
Estado do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil.
Estado do Acre. Secretaria Estadual de Saúde. Rio Branco, AC, Brazil.
Estado do Acre. Laboratório Central de Saúde Pública. Rio Branco, Brazil.
Estado do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil
Universidade de Fortaleza. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Fortaleza, CE, Brazil.
Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Departamento de Doenças Infecciosas. Natal, RN, Brazil.
Estado do Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brazil.
Estado do Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MT, Brazil.
Estado do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil
Estado do Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MT, Brazil.
Universidade Federal do Acre. Laboratório de Citogenética. Rio Branco, AC, Brazil.
Estado do Acre. Laboratório Central de Saúde Pública. Rio Branco, AC, Brazil.
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Estado do Mato Grosso. Laboratório Central de Saúde Pública. Cuiabá, MT, Brazil.
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.
Estado do Rio Grande do Norte. Laboratório Central de Saúde Pública. Natal, RN, Brazil
Ministerio de Salud Pública. Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Montevideo, Uruguay.
Ministerio de Salud Pública. Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Montevideo, Uruguay.
Ministerio de Salud Pública. Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Montevideo, Uruguay.
Ministerio de Salud Pública. Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Montevideo, Uruguay.
Ministerio de Salud Pública. Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Montevideo, Uruguay.
Ministerio de Salud Pública. Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Montevideo, Uruguay.
Laboratório de Fronteira Tabatinga. Tabatinga, AM, Brazil.
Laboratório de Fronteira Tabatinga. Tabatinga, AM, Brazil.
Laboratório de Fronteira Tabatinga. Tabatinga, AM, Brazil.
Pan American Health Organization. Washington, DC, USA.
Pan American Health Organization. Washington, DC, USA.
Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.
Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.
Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Brasília, DF, Brazil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brazil / Sciences and Technologies for Sustainable Development and One Health. Universita Campus Bio-Medico di Roma. Roma, Italy / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Climate Amplified Diseases and Epidemics. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brazil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Climate Amplified Diseases and Epidemics. Belo Horizonte, MG, Brazil.
Abstract
The emergence and continued geographic expansion of arboviruses and the growing number of infected people have highlighted the need to develop and improve multiplex methods for rapid and specific detection of pathogens. Sequencing technologies are promising tools that can help in the laboratory diagnosis of conditions that share common symptoms, such as pathologies caused by emerging arboviruses. In this study, we integrated nanopore sequencing and the advantages of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to develop a multiplex RT-PCR protocol for the detection of Chikungunya virus (CHIKV) and several orthoflaviviruses (such as dengue (Orthoflavivirus dengue), Zika (Orthoflavivirus zikaense), yellow fever (Orthoflavivirus flavi), and West Nile (Orthoflavivirus nilense) viruses) in a single reaction, which provides data for sequence-based differentiation of arbovirus lineages.
Keywords
Chikungunya virus
Arbovirus
Genotyping
Nanopore sequencing
Orthoflaviviruses
 
Publisher
MDPI
Citation
XAVIER, Joilson et al. A Multiplex Nanopore Sequencing Approach for the Detection of Multiple Arboviral Species. Viruses, v. 16, n. 1, p. 1-11, Dec. 2023.
DOI
10.3390/v16010023
ISSN
1999-4915