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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/62795
TESTING THE GENOMIC STABILITY OF THE BRAZILIAN YELLOW FEVER VACCINE STRAIN USING NEXT-GENERATION SEQUENCING DATA
Cepa 17D
Genetic stability
Genetic diversity
Attenuated viral vaccines
Author
Affilliation
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Tecnologia Recombinante. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Tecnologia Recombinante. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Tecnologia Recombinante. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Tecnologia Recombinante. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Tecnologia Recombinante. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Tecnologia Recombinante. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório Nacional de Computação Científica. Laboratório de Bioinformática. Petrópolis, RJ, Brasil.
Abstract
The live attenuated yellow fever (YF) vaccine was developed in the 1930s. Currently, the 17D and 17DD attenuated substrains are used for vaccine production. The 17D strain is used for vaccine production by several countries, while the 17DD strain is used exclusively in Brazil. The cell passages carried out through the seed-lot system of vaccine production influence the presence of quasispecies causing changes in the stability and immunogenicity of attenuated genotypes by increasing attenuation or virulence. Using next-generation sequencing, we carried out genomic characterization and genetic diversity analysis between vaccine lots of the Brazilian YF vaccine, produced by BioManguinhos–Fiocruz, and used during 11 years of vaccination in Brazil. We present 20 assembled and annotated genomes from the Brazilian 17DD vaccine strain, eight single nucleotide polymorphisms and the quasispecies spectrum reconstruction for the 17DD vaccine, through a pipeline here introduced. The V2IDA pipeline provided a relationship between low genetic diversity, maintained through the seed lot system, and the confirmation of genetic stability of lots of the Brazilian vaccine against YF. Our study sets precedents for use of V2IDA in genetic diversity analysis and in silico stability investigation of attenuated viral vaccines, facilitating genetic surveillance during the vaccine production process.
Keywords
Yellow fever vaccineCepa 17D
Genetic stability
Genetic diversity
Attenuated viral vaccines
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