Controle de qualidade do acervo de pesquisa da coleção de bactérias patogênicas (CBP) do Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde – INCQS/Fiocruz

Abstract

As coleções biológicas são centros de conservação ex-situ de organismos ou parte deles. Atualmente, a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) possui 35 coleções reconhecidas institucionalmente, dentre as quais se encontra a Coleção de Bactérias Patogênicas (CBP). O extenso acervo da CBP compreende mais de 2000 linhagens e disponibiliza uma variedade de serviços, incluindo, caracterização fenotípica e molecular, fornecimento, depósito, preservação de linhagens bacterianas, seja por liofilização ou ultracongelamento. O objetivo deste estudo foi avaliar a conformidade de parte do acervo de pesquisa da CBP do INCQS por meio de ensaios microbiológicos como uma forma de controle interno da qualidade e realizar a reposição dos lotes analisados. Foram selecionadas as linhagens mais solicitadas para o fornecimento externo e, dentre essas, aquelas com estoques críticos (abaixo de 10 ampolas), para serem submetidas aos ensaios de pureza, viabilidade, autenticação e antibiograma. O estudo foi divido em etapas de pré-produção, com ensaio de pureza, análise microscópica e autenticação por sistema semi-automatizado VITEK® 2; produção a partir do crescimento bacteriano com solução “Skim milk” a 10%; e pós-produção, incluindo, além dos ensaios realizados na pré-produção, a viabilidade por meio de diluições seriadas e o antibiograma pelo método VITEK® 2. A identificação molecular por sequenciamento parcial do gene 16S RNAr e pelo MALDI-TOF MS foram utilizados quando a identificação em nível de espécie não foi possível com os testes fenotípicos utilizados. Foram selecionadas 100 cepas da CBP para os ensaios microbiológicos, 84 cresceram de forma pura e compatível com a identificação na CBP. Quatro apresentaram crescimento de mais de um microrganismo (contaminação) e apenas duas apresentaram características incompatíveis com a identificação na CBP. Em 10 cepas não houve crescimento na primeira tentativa. No entanto, nove dessas cepas foram recuperadas com sucesso em uma nova ampola e cresceram de forma satisfatória. No ensaio de viabilidade todas as cepas avaliadas apresentaram resultado satisfatório, a maioria (54%) com 10⁸ UFC/mL de células viáveis. Foram realizadas 97 identificações pelo VITEK®2 com os seguintes resultados: 54 (56%) cepas da família Enterobacteriaceae, 15 (15%) cepas de Pseudomonas aeruginosa, três (3%) pertencentes ao gênero Yersinia, nove (9%) ao gênero Staphylococcus e nove (9%) ao gênero Bacillus. Sete (8%) cepas apresentaram resultado da identificação pelo VITEK®2 diferente de sua identificação na coleção, sendo assim, excluídas do acervo. De acordo com os critérios determinados pelo Comitê Brasileiro de Teste de Sensibilidade aos Antimicrobianos - BrCAST foram avaliados os perfis de suscetibilidade de 78 cepas, onde 31% delas foram sensíveis a todos os antimicrobianos testados. A análise das nove cepas de Bacillus pelos diferentes métodos de identificação utilizados revelou uma maior precisão na identificação a nível de espécie desse grupo pelo MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight), desempenho que possivelmente pode ser justificado pela composição mais abrangente de seu banco de dados. O presente estudo contribuiu significativamente com a reestruturação da CBP, por meio de diferentes ensaios microbiológicos, fortalecendo, assim, a qualidade na preservação biológica.