| Author | Machado, Lais Ceschini | |
| Author | Dezordi, Filipe Zimmer | |
| Author | Lima, Gustavo Barbosa de | |
| Author | Lima, Raul Emídio de | |
| Author | Silva, Lilian Caroliny Amorim | |
| Author | Pereira, Leandro de Mattos | |
| Author | Silva, Alexandre Freitas da | |
| Author | Silva Neto, Antonio Marinho da | |
| Author | Oliveira, André Luiz Sá de | |
| Author | Armstrong, Anderson da Costa | |
| Author | Silva, Rômulo Pessoa e | |
| Author | Loyo, Rodrigo Moraes | |
| Author | Silva, Bárbara de Oliveira | |
| Author | Almeida, Anderson Rodrigues de | |
| Author | Pitta, Maira Galdino da Rocha | |
| Author | Santos, Francisco de Assis da Silva | |
| Author | Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de | |
| Author | Resende, Paola Cristina | |
| Author | Delatorre, Edson Oliveira | |
| Author | Naveca, Felipe Gomes | |
| Author | Miyajima, Fabio | |
| Author | Gräf, Tiago | |
| Author | Carmo, Rodrigo Feliciano do | |
| Author | Pereira, Michelly Cristiny | |
| Author | Campos, Túlio de Lima | |
| Author | Bezerra, Matheus Filgueira | |
| Author | Paiva, Marcelo Henrique Santos | |
| Author | Wallau, Gabriel da Luz | |
| Access date | 2024-06-17T15:29:16Z | |
| Available date | 2024-06-17T15:29:16Z | |
| Document date | 2024 | |
| Citation | MACHADO, Lais Ceschini et al. Spatiotemporal transmission of SARS-CoV-2 lineages during 2020-2021 in Pernambuco-Brazil. Microbiology Spectrum, v. 12, n. 6, p. 1-16, 23 Apr. 2024. | en_US |
| ISSN | 2165-0497 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/64516 | |
| Description | Produção científica do Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. | pt_BR |
| Sponsorship | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). Grant 303902/2019-1 to Gabriel da Luz Wallau. | |
| Sponsorship | Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco (FACEPE). Grant APQ-0723-4.06/21 to Rodrigo Feliciano do Carmo. | |
| Language | eng | en_US |
| Publisher | American Society for Microbiology | en_US |
| Rights | open access | |
| Title | Spatiotemporal transmission of SARS-CoV-2 lineages during 2020-2021 in Pernambuco-Brazil | en_US |
| Type | Article | |
| DOI | 10.1128/spectrum.04218-23 | |
| Abstract | SARS-CoV-2 virus emerged as a new threat to humans and spread around the world, leaving a large death toll. As of January 2023, Brazil is among the countries with the highest number of registered deaths. Nonpharmacological and pharmacological interventions have been heterogeneously implemented in the country, which, associated with large socioeconomic differences between the country regions, has led to distinct virus spread dynamics. Here, we investigate the spatiotemporal dispersion of SARS-CoV-2 lineages in the Pernambuco state (Northeast Brazil) throughout the distinct epidemiological scenarios that unfolded in the first 2 years of the pandemic. We generated a total of 1,389 new SARS-CoV-2 genomes from June 2020 to August 2021. This sampling captured the arrival, communitary transmission, and the circulation of the B1.1, B.1.1.28, and B.1.1.33 lineages; the emergence of the former variant of interest P.2; and the emergence and fast replacement of all previous variants by the more transmissible variant of concern P.1 (Gamma). Based on the incidence and lineage spread pattern, we observed an East-to-West to inner state pattern of transmission, which is in agreement with the transmission of more populous metropolitan areas to medium- and small-size country-side cities in the state. Such transmission patterns may be partially explained by the main routes of traffic across municipalities in the state. Our results highlight that the fine-grained intrastate analysis of lineages and incidence spread can provide actionable insights for planning future nonpharmacological intervention for air-borne transmissible human pathogens. IMPORTANCE: During the COVID-19 pandemic, Brazil was one of the most affected countries, mainly due its continental-size, socioeconomic differences among regions, and heterogeneous implementation of intervention methods. In order to investigate SARS-CoV-2 dynamics in the state of Pernambuco, we conducted a spatiotemporal dispersion study, covering the period from June 2020 to August 2021, to comprehend the dynamics of viral transmission during the first 2 years of the pandemic. Throughout this study, we were able to track three significant epidemiological waves of transmission caused by B1.1, B.1.1.28, B.1.1.33, P.2, and P.1 lineages. These analyses provided valuable insights into the evolution of the epidemiological landscape, contributing to a deeper understanding of the dynamics of virus transmission during the early years of the pandemic in the state of Pernambuco. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataformas Tecnológicas. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataformas Tecnológicas. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataformas Tecnológicas. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Vice-Direção de Pesquisa, Desenvolvimento Tecnológico e Serviços de Referência. Núcleo de Estatística e Geoprocessamento. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Vale do São Francisco. Colegiado de Medicina. Petrolina, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Pernambuco. Núcleo de Pesquisa em Inovação Terapêutica Suely Galdino. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Parasitologia. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Pernambuco. Núcleo de Pesquisa em Inovação Terapêutica Suely Galdino. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Pernambuco. Núcleo de Pesquisa em Inovação Terapêutica Suely Galdino. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Pernambuco. Núcleo de Pesquisa em Inovação Terapêutica Suely Galdino. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Departamento de Biologia. Alegre, ES, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Laboratório Analítico de Competências Moleculares e Epidemiológicas. Eusébio, CE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal do Vale do São Francisco. Colegiado de Ciências Farmacêuticas. Petrolina, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Universidade Federal de Pernambuco. Núcleo de Pesquisa em Inovação Terapêutica Suely Galdino. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbiologia. Recife, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil. | en_US |
| Affilliation | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil / National Reference Center for Tropical Infectious Diseases. WHO Collaborating Center for Arbovirus and Hemorrhagic Fever Reference and Research. Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine. Department of Arbovirology. Hamburg, Germany. | en_US |
| Subject | Genomic surveillance | en_US |
| Subject | COVID-19 | en_US |
| Subject | Lineage replacement | en_US |
| Subject | State level | en_US |
| e-ISSN | 2165-0497 | |
