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PANDEMIA POR SARS-COV-2 NO ESTADO DO MARANHÃO: VIGILÂNCIA GENÔMICA E PERFIL DE ANTICORPOS NEUTRALIZANTE
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Abstract in Portuguese
O SARS-CoV-2, causador da Covid-19, apresenta distintas linhagens circulantes no mundo consideradas como variantes de interesse (VOI) ou preocupação (VOC). É de grande importância monitorar a variabilidade genética, virulência e desfecho clínico desse vírus na população. Soro e secreção de nasofaringe de indivíduos positivos para SARS-CoV-2 no estado do Maranhão (MA) foram coletados e submetidos aos ensaios sorológicos e moleculares. Os anticorpos totais e neutralizantes foram testados nos soros, através das técnicas de eletroquimioluminescência e ensaio de redução de placas por neutralização (PRNT), respectivamente. O diagnóstico molecular e caracterização das linhagens pelo sequenciamento genômico foram realizados a partir do RNA genômico extraído da secreção de nasofaringe. Ao todo 872 genomas de SARS-CoV-2 foram analisados em parceria do IOC/LACEN-MA com IOC/Fiocruz-RJ e Rede Genômica Fiocruz. A linhagem predominante no início da pandemia foi a B.1.1.33. Essa deu origem a duas novas linhagens, N.9 e N.10. No Maranhão a N.10 circulou de forma restrita no período de dezembro de 2020 a março de 2021, apresentando mutações no domínio N-terminal (NTD) da Spike relacionadas a um possível escape da resposta imune. A partir de dezembro de 2020 a VOI Zeta P.2 passou a ser detectada no estado e, em seguida, a VOC Gamma P.1/P.1.* Essa nova linhagem se tornou predominante no cenário do MA dando origem às sublinhagens P.1.10, P.1.7, P.1.14, P.1.8 e P.1.9. Em setembro de 2021 a VOC Delta B.1.617.2/AY.* foi detectada junto com suas linhagens AY.43 e AY.99, substituindo a Gamma. A partir de fevereiro de 2022 a VOC Ômicron passou a dominar o cenário do MA com a entrada da BA.1. No estudo de níveis séricos de anticorpos totais (IgM/IgG) com 19.745 pessoas, 370 foram elegíveis (Fase I). Destas, 90 foram submetidas ao PRNT, 6 meses pós infecção (Fase II), onde resultou que 52% dos indivíduos (n=47) apresentavam algum nível de atividade neutralizante para a linhagem B1. A manutenção de uma vigilância homogênea de SARS-CoV-2, evidencia a capacidade de detecção e monitoramento de novas mutações que podem fornecer ao vírus uma vantagem seletiva no aumento da transmissibilidade ou a capacidade de evadir a resposta imune do hospedeiro
Abstract
SARS-CoV-2, which causes Covid-19, has different lineages circulating in the world considered as variants of interest (VOI) or concern (VOC). It is of great importance to monitor the genetic variability, virulence and clinical outcome of this virus in the population. Serum and nasopharyngeal secretions from individuals positive for SARS-CoV-2 in the state of Maranhão (MA) were collected and submitted to serological and molecular assays. Total and neutralizing antibodies were tested in sera using electrochemiluminescence and plaque reduction assay by neutralization (PRNT), respectively. Molecular diagnosis and characterization of lineages by genomic sequencing were performed from genomic RNA extracted from nasopharyngeal secretions. A total of 872 SARS-CoV-2 genomes were analyzed in partnership between IOC/LACEN-MA, IOC/Fiocruz-RJ and Fiocruz Genomic Network. The predominant lineage at the beginning of the pandemic was B.1.1.33. This gave rise to two new lineages, N.9 and N.10. In Maranhão, N.10 circulated in a restricted way from December 2020 to March 2021, presenting mutations in the Nterminal domain (NTD) of Spike related to a possible escape from the immune response. As of December 2020, the VOI Zeta P.2 started to be detected in the state, followed by the VOC Gamma P.1/P.1.* This new lineage became predominant in the MA setting, giving rise to the P .1.10, P.1.7, P.1.14, P.1.8 and P.1.9. In September 2021 VOC Delta B.1.617.2/AY.* was detected along with its AY.43 and AY.99 lineages, replacing Gamma. As of February 2022, VOC Ômicron started to dominate the MA scenario with the entry of BA.1. In the study of serum total antibody levels (IgM/IgG) with 19,745 people, 370 were eligible (Phase I). Of these, 90 underwent PRNT, 6 months after infection (Phase II), which resulted in 52% of individuals (n=47) having some level of neutralizing activity for the B1 lineage. The maintenance of a homogeneous SARS-CoV-2 surveillance evidences the ability to detect and monitor new mutations that may provide the virus with a selective advantage in increasing transmissibility or the ability to evade the host's immune response
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