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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/65947
AVALIAÇÃO DE UM SISTEMA BASEADO EM LAMP (AMPLIFICAÇÃO ISOTÉRMICA EM ALÇA) NA DETECÇÃO DO ALVO MOLECULAR IS6110 PARA O DIAGNÓSTICO DA TUBERCULOSE EXTRAPULMONAR
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico
Tuberculose Extrapulmonar -- microbiol
Mycobacterium tuberculosis -- genet
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico -- metodos
Limite de Detecção
Sensibilidade e Especificidade
Técnicas de Diagnóstico Molecular -- metodos
Mycobacterium tuberculosis -- isol
Reprodutibilidade dos Testes
Estudos Transversais
Leucócitos Mononucleares
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico
Tuberculose Extrapulmonarmicrobiol$2DeCS
Mycobacterium tuberculosis
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico
Limite de Detecção
Sensibilidade e Especificidade
Técnicas de Diagnóstico Molecular
Mycobacterium tuberculosis
Reprodutibilidade dos Testes
Estudos Transversais
Leucócitos Mononucleares
Araújo, Romário Martins. | Date Issued:
2019
Author
Advisor
Co-advisor
Comittee Member
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Abstract in Portuguese
A tuberculose (TB) é uma doença infecciosa que possui como agente etiológico o Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Seu diagnóstico é feito através da análise das características clínicas-epidemiológicas, junto a exames de imagem, laboratoriais, moleculares e imunológicos. Entretanto, para a forma extrapulmonar (TBE), o diagnóstico apresenta dificuldades, devido à sintomatologia inespecífica e à baixa sensibilidade dos métodos convencionais (baciloscopia e cultura). A Amplificação Isotérmica em Alça (LAMP) é uma técnica rápida e de baixo custo, capaz de amplificar, sob condições isotérmicas, poucas cópias de um DNA alvo em aproximadamente 109 moléculas. O método tem sido aplicado com sucesso na detecção de vários micro-organismos, apresentando alta eficácia. O presente trabalho busca avaliar um sistema de LAMP na detecção do alvo IS6110 para o diagnóstico da TBE. As amostras biológicas utilizadas nesse estudo são de pacientes provenientes de hospitais da rede SUS (n = 72), divididos em dois grupos: Grupo 1 – com diagnóstico confirmado de TBE (n = 41); Grupo 2 – Pacientes sem TB (n = 31). As amostras passaram processos de descontaminação, extração de DNA e, posteriormente, submetidas à técnica de LAMP. O limite de detecção foi avaliado através de quatro diferentes curvas de diluição (1:10), utilizando DNA genômico de cepa de referência do Mtb (H37Rv). O ensaio de LAMP foi testado em 122 amostras biológicas, sendo 61 do Grupo 1 e 61 do Grupo 2. Os resultados obtidos indicaram que o limite de detecção do LAMP foi de 10fg/ μL, equivalente a 2 bacilos/μL. Em relação à sensibilidade e especificidade da técnica, foram obtidos valores de 90,16% e 63,93%, respectivamente. Devido a sua elevada sensibilidade, associado ao bom limite de detecção apresentado, este teste possui considerável valor diagnóstico, sendo capaz de auxiliar na rapidez e precisão do diagnóstico final, gerando um melhor prognóstico para os pacientes com suspeita de TBE.
Abstract
Tuberculosis (TB) is an infectious disease that has the Mycobacterium tuberculosis (Mtb) as its etiological agent. Its diagnosis is made through the analysis of clinical-epidemiological characteristics, along with imaging, laboratory, molecular and immunological exams. However, for the extrapulmonary form (EPTB), the diagnosis presents difficulties, due to the non-specific symptomatology and the low sensitivity of the conventional methods. Loop-mediated Isothermal amplification (LAMP) is a fast and inexpensive technique capable of amplifying, under isothermal conditions, few copies of target DNA in approximately 109 molecules. The technique has been successfully applied in the detection of several microorganisms, presenting high efficacy. The present work aims to evaluate a LAMP system in the detection of the IS6110 target for the diagnosis of TBE. The biological samples used in this study were from patients from SUS hospitals (n = 72), divided into two groups: Group 1 - confirmed diagnosis of TBT (n = 41); Group 2 - Patients without TB (n = 31). The samples underwent decontamination, DNA extraction and, subsequently, submitted to the LAMP technique. The limit of detection was evaluated through four different dilution curves (1:10) using Mtb reference strain (H37Rv) genomic DNA. The LAMP assay was tested in 122 biological samples, 61 of Group 1 and 61 of Group 2. The results indicated that the limit of detection of LAMP was 10fg / μL, equivalent to 2 bacilli / μL. Regarding the sensitivity and specificity of the technique, were obtained values of 90.16% and 63.93%, respectively. Due to its high sensitivity, associated to the good limit of detection presented, this test shows considerable diagnostic value, being able to aid in the speed and accuracy of the final diagnosis, generating a better prognosis for the patients with suspected TBE (AU). Tuberculosis (TB) is an infectious disease that has the Mycobacterium tuberculosis (Mtb) as its etiological agent. Its diagnosis is made through the analysis of clinical-epidemiological characteristics, along with imaging, laboratory, molecular and immunological exams. However, for the extrapulmonary form (EPTB), the diagnosis presents difficulties, due to the non-specific symptomatology and the low sensitivity of the conventional methods. Loop-mediated Isothermal amplification (LAMP) is a fast and inexpensive technique capable of amplifying, under isothermal conditions, few copies of target DNA in approximately 109 molecules. The technique has been successfully applied in the detection of several microorganisms, presenting high efficacy. The present work aims to evaluate a LAMP system in the detection of the IS6110 target for the diagnosis of TBE. The biological samples used in this study were from patients from SUS hospitals (n = 72), divided into two groups: Group 1 - confirmed diagnosis of TBT (n = 41); Group 2 - Patients without TB (n = 31). The samples underwent decontamination, DNA extraction and, subsequently, submitted to the LAMP technique. The limit of detection was evaluated through four different dilution curves (1:10) using Mtb reference strain (H37Rv) genomic DNA. The LAMP assay was tested in 122 biological samples, 61 of Group 1 and 61 of Group 2. The results indicated that the limit of detection of LAMP was 10fg / μL, equivalent to 2 bacilli / μL. Regarding the sensitivity and specificity of the technique, were obtained values of 90.16% and 63.93%, respectively. Due to its high sensitivity, associated to the good limit of detection presented, this test shows considerable diagnostic value, being able to aid in the speed and accuracy of the final diagnosis, generating a better prognosis for the patients with suspected TBE.
Keywords in Portuguese
Tuberculose Extrapulmonar -- diagTécnicas de Amplificação de Ácido Nucleico
Tuberculose Extrapulmonar -- microbiol
Mycobacterium tuberculosis -- genet
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico -- metodos
Limite de Detecção
Sensibilidade e Especificidade
Técnicas de Diagnóstico Molecular -- metodos
Mycobacterium tuberculosis -- isol
Reprodutibilidade dos Testes
Estudos Transversais
Leucócitos Mononucleares
DeCS
Tuberculose ExtrapulmonarTécnicas de Amplificação de Ácido Nucleico
Tuberculose Extrapulmonarmicrobiol$2DeCS
Mycobacterium tuberculosis
Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico
Limite de Detecção
Sensibilidade e Especificidade
Técnicas de Diagnóstico Molecular
Mycobacterium tuberculosis
Reprodutibilidade dos Testes
Estudos Transversais
Leucócitos Mononucleares
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