Please use this identifier to cite or link to this item:
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/66613
DESENVOLVIMENTO DE UM PROTÓTIPO DE BAIXO CUSTO PARA REALIZAÇÃO DE DIAGNÓSTICOS MOLECULARES BASEADO EM TECNOLOGIA LAMP (LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION)
Camargo, Bruno Dias | Date Issued:
2023
Author
Advisor
Co-advisor
Comittee Member
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Curitiba, PR, Brasil.
Abstract in Portuguese
Equipamentos baseados no conceito Point-of-care (POC) (diagnóstico no ponto de atendimento) vêm sendo desenvolvidos, nos últimos anos, visando o diagnóstico molecular rápido de doenças. Atualmente, a tecnologia LAMP (Loop-mediated isothermal amplification), considerada simples, robusta e de baixo custo, já está disseminada e seu potencial para screening de diversas doenças já foi reportado na literatura, como por exemplo para o diagnóstico de COVID-19, tuberculose, HIV, malária, dengue e Zika vírus. Comparado com a técnica padrão-ouro PCR (Polymerase Chain Reaction) a técnica LAMP é considerada mais simples devido ao fato de não necessitar ciclagens constantes de temperatura e pelo fato de ocorrer a mudança visual de cores no tubo de reação, o que facilita a interpretação de resultado a olho nu. Neste trabalho são apresentados a construção e evolução da maturidade tecnológica de dois protótipos de equipamentos (hardware e firmware) baseado na tecnologia LAMP, com capacidade de amplificação e de detecção colorimétrica, visando um incremento no indicador de maturidade tecnológica TRL no nível 4 para o nível 5. Para que ocorra a construção de equipamentos LAMP é essencial o desenvolvimento de um circuito eletrônico com a robustez necessária para permitir a aquisição e controle dos sinais responsáveis pela amplificação e detecção das amostras biológicas. O primeiro equipamento construído e apresentado (Apollo) é uma prova de conceito de um equipamento LAMP com TRL 4, e o segundo equipamento (Cardinal) é construído baseado em melhorias e amadurecimento da tecnologia empregada na construção do primeiro equipamento, visando o TRL 5. Ambos os equipamentos possuem a capacidade para analisar até oito amostras em microtubos de 200μL, com detecção colorimétrica via sensores de cor. O primeiro equipamento utiliza-se de um microcontrolador do tipo Arduino Nano, sensor de cor analógico e sistema de aquecimento por resistor (efeito Joule) tanto das amostras quanto da tampa do dispositivo. O segundo equipamento utiliza-se de um microcontrolador do tipo ESP32, sensor de cor digital, sistema de aquecimento da tampa por resistor e pastilhas termoelétricas (efeito Peltier) para aquecimento e resfriamento das amostras. Os dois tiveram seu funcionamento comprovado através da amplificação e detecção de amostras contendo SARS-CoV-2 e o segundo ainda foi capaz de amplificar, mas sem a detecção, amostras de hanseníase. O grande diferencial do segundo equipamento é um sistema eletrônico com melhorias baseadas no desempenho do primeiro protótipo de equipamento, um sistema de aquecimento e resfriamento da amostra com o uso de dispositivo termoelétrico, com maiores velocidades de aquecimento e resfriamento (ganho de até 5 vezes), do uso de um microcontrolador com maior capacidade de processamento (260 vezes mais rápido) e armazenamento (125 vezes maior) e uma troca dos sensores de cor para dispositivos com maior disponibilidade de mercado.
Abstract
Equipment based on the Point-of-care (POC) concept (diagnosis at the point of care) has been developed in recent years, aiming at the rapid molecular diagnosis of diseases. Currently, LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) technology, considered simple, robust, and low-cost, is already widespread and its potential for screening several diseases has already been reported in the literature, such as for the diagnosis of COVID-19, tuberculosis, HIV, malaria, dengue and Zika virus. Compared to the gold-standard PCR (Polymerase Chain Reaction) technique, the LAMP technique is considered simpler because it does not require constant temperature cycling and because there is a visual change of colors in the reaction tube, which facilitates interpretation through naked eye results. In this work, the construction and evolution of the technological maturity of two devices (hardware and firmware) based on LAMP technology, with amplification and colorimetric detection capacity, will be presented, aiming to increase the TRL capacity of the project. For the construction of the LAMP equipment to occur, it is essential to develop an electronic circuit with the necessary robustness to allow the acquisition and control of the signals responsible for the amplification and detection of biological samples. The first equipment built and presented (Apollo) is a proof of concept of a LAMP equipment with TRL 4, and the second equipment (Cardinal) is built based on improvements and maturation of the technology used in the construction of the first equipment, aiming at TRL 5. Both devices can analyze up to eight samples in 200uL microtubes, with colorimetric detection via color sensors. The first equipment uses an Arduino Nano microcontroller, an analog color sensor and a resistor heating system (Joule effect) for both the samples and the device cover. The two had their operation proven through the amplification and detection of samples containing SARS-CoV-2 and the second was still capable of amplifying, but without detection, leprosy samples. The major difference of the second equipment is more robust electronics, a heating and cooling system of the sample through a thermoelectric device, with higher heating and cooling rates (gain of up to 5 times), the use of a microcontroller with greater capacity (260 times faster) and storage (125 times bigger) and an exchange to color sensors more widely available.
Share