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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/66707
MALDI BIOTYPER® DATABASE EXPANSION WITH A POSSIBLE NEW SPECIES OF GENUS ALIIDIOMARINA ISOLATED IN AN IMMUNOBIOLOGICAL PHARMACEUTICAL INDUSTRY FACILITY: NEW APPROACHES TO CONTAMINATION CONTROL STRATEGY
Aliidiomarina
Indústria farmacêutica
Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz
Aliidiomarina
Pharmaceutical industry
Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
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Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
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Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Departamento de Controle de Qualidade. Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
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Abstract
Abstract Overview: Microbial identification is extremely relevant for parenteral drug pharmaceutical industry as it is pre-requisite for Contamination Control Strategy (CCS) implementation. However, some microbial identification methodologies are not appropriate to identify environmental microorganisms. On the other hand, pharmaceutical production environments present considerable potential for new species discovery, because their microbiota is little explored and studied. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight/mass spectrometry (MALDI-TOF/MS) is a fast and accurate methodology for microbial identification, despite many environmental strains not being covered by its database. Aliidiomarina is a genus composed by Gram-negative heterotrophic, aerobic and motile rods. The aim of this study was to expand the MALDI Biotyper® database for the identification of an Aliidiomarina strain isolated in an immunobiological pharmaceutical facility. B602/23 was isolated in 2023 and was not identified by VITEK®2 (biochemical method) nor MALDI Biotyper®. The strain was submitted to full 16S rRNA gene sequencing, whose result was Aliidiomarina quisquiliarum (97.20%), indicating a possible new species, as the cut off for species identification is 98.70%. B602/23 was added to MALDI Biotyper® database as Aliidiomarina sp., by creating a Main Spectrum and analyzed again, so that it could be identified as Aliidiomarina sp. with a score of 2.35. Learning objectives: The molecular identification of Aliidiomarine spp. by full 16S rRNA sequencing and the introduction of these spectrum in MALDI Biotyper®, in order to obtain a customized database regarding the bacterial species isolated locally, proved to be an effective tool to improve microorganism identification in pharmaceutical industry, contributing to CCS approaches. However, further studies will be necessary such as whole genome sequencing, average nucleotide identity, genome-to-genome distance calculator and GC content to better characterize this strain and maybe describe it as a new species of the genus.
Keywords in Portuguese
MALDI TOF MSAliidiomarina
Indústria farmacêutica
Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz
Keywords
MALDI TOF MSAliidiomarina
Pharmaceutical industry
Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization
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