Statistical filtering for NMR based structure generation

Abstract

A atribuição constitucional de produtos naturais por espectroscopia de RMN é geralmente baseada em experimentos de RMN 2D como COSY, HSQC e HMBC. A dificuldade de um problema de elucidação de estrutura depende mais do tipo da molécula investigada do que de seu tamanho. Compostos saturados geralmente podem ser atribuídos de forma inequívoca à mão usando apenas dados de COSY e 13C-HMBC, enquanto heterociclos condensados ​​são problemáticos devido à falta de prótons que poderiam mostrar conectividades interatômicas. Diferentes programas de computador foram desenvolvidos para auxiliar no processo de atribuição estrutural, um deles COCON. No caso de moléculas insaturadas e substituídas, os geradores de estrutura frequentemente gerarão um número muito grande de soluções possíveis. Este artigo apresenta um "filtro estatístico" para a redução do número de resultados. O filtro funciona gerando conformações 3D usando smi23d, uma abordagem MD simples. Todas as moléculas para as quais a geração de restrições constitucionais falhou foram eliminadas do conjunto de resultados. Alguns elementos estruturais removidos pelo filtro estatístico foram analisados ​​e verificados em relação a Beilstein. A remoção automática de moléculas para as quais nenhum conjunto de parâmetros MD pôde ser criado foi incluída no WEBCOCON. O efeito desse filtro varia em dependência do conjunto de dados de RMN usado, mas em nenhum caso a constituição correta foi removida do conjunto resultante.