Vigilância genômica do SARS-CoV-2 e dinâmica epidemiológica da COVID-19 no estado do Piauí, 2020 a 2022

Abstract

Introdução: O SARS-CoV-2 teve seus primeiros casos relatados em Wuhan, China, em dezembro de 2019, com crescente disseminação global, sendo decretada em março de 2020 pandemia pelo novo Coronavírus. No Brasil, mais de 37,7 milhões de pessoas infectaramse e mais de 705 mil morreram devido ao COVID-19 (atualizado em 19/08/23). O SARSCoV-2 possui alta taxa de mutação, que pode provocar emergência de novas linhagens com escape da resposta imune. Essa diversidade justifica a manutenção da vigilância genômica como suporte à vigilância epidemiológica e ações de controle. No estado do Piauí foram confirmados 433.686 casos e 8.398 óbitos (atualizado em 12/08/23). Em 05 de maio de 2023 foi declarado fim do estado de emergência de saúde pública pela COVID-19 pela OMS. Objetivo: Caracterizar a dinâmica molecular de SARS-CoV-2 no estado do Piauí (PI), descrevendo as linhagens em circulação de março de 2020 a novembro de 2022 e correlacionar estas com dados clínicos e epidemiológicos. Métodos: Amostras positivas para SARS-CoV-2 caracterizadas por RT-PCR em tempo real com o limite de ciclo (Ct) < 27 pelo LACEN-PI foram eleitas para o sequenciamento genômico (protocolo COVIDSeq com adaptações e utilização da plataforma Illumina). As linhagens foram caracterizadas pelo sistema de classificação Pango Lineages, e correlacionadas com dados clínicos e epidemiológicos. Resultados: Recuperamos da plataforma EpiCoV do GISAID 602 genomas de SARS-CoV2 (dados atualizados em 05/06/23) do estado do Piauí, 0,26% da produção do Brasil (n = 235.259). Destes, 383 (63,62%) genomas foram produzidos neste estudo que integra a Rede Genômica Fiocruz (RJ/PI). O Piauí foi o estado com menor produção de genomas do país ao longo da pandemia e com esse estudo contribuímos para melhorar a representatividade para a vigilância genômica local Didaticamente dividimos a pandemia no Piauí em seis fases: Fase I (março a setembro de 2020), período inicial da pandemia, 98.108 casos e 2.144 óbitos com apenas um genoma sequenciado (linhagem B.1.1.33); Fase II (outubro/2020 a junho/2021), introdução das variantes P.2 (n = 2, 1,6%) e P.1/P.1* (n = 103, 81,7%); Fase III (julho a dezembro de 2021), com co-circulação de linhagens da VOC Gamma P.1/P.1.* (n = 62, 32,6% no período) e Delta AY.* (n = 128, 67,4%); Fase IV (janeiro a abril de 2022) com a substituição da VOC Delta (n = 5, 4,5%) por Omicron BA.1/BA.1* (n = 107, 95,5%); Fase V (maio a novembro de 2022) com a co-circulação de linhagens de Omicron (BA.1/BA.1.* = 21; BA.2/BA.2* = 7; BA.4/BA.4* = 38; BA.5/BA.5* = 80; BE.9 = 1; BQ.1/BQ.1* = 19; DL.1 = 6; XAG = 1); e Fase VI, de dezembro de 2022 a 05 de maio de 2023, que não foi caracterizado neste estudo. Conclusões: A vigilância genômica permite o entendimento da disseminação de novas linhagens, o monitoramento de variantes conhecidas de SARS-CoV-2, e a possibilidade de correlacionar estes dados com os números de casos e óbitos no estado. A análise dos genomas sequenciados forneceu informações adicionais à vigilância epidemiológica, possibilitando orientar medidas de proteção e controle, a fim de evitar impacto no sistema de saúde e contribuindo com a vigilância genômica no estado