Please use this identifier to cite or link to this item:
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/67284
INFLAMMATORY BREAST CANCER MICROENVIRONMENT REPERTOIRE BASED ON DNA METHYLATION DATA DECONVOLUTION REVEALS ACTIONABLE TARGETS TO ENHANCE THE TREATMENT EFFICACY
Deconvolução
Células endoteliais
Silenciamento epigenético
Marcadores imunológicos
Câncer de mama inflamatório
Microambiente tumoral
Deconvolution
Endothelial cells
Epigenetic silencing
Immune markers
Inflammatory breast cancer
Tumor microenvironment
Author
Affilliation
Department of Clinical Genetics. University Hospital of Southern Denmark. Beriderbakken. Vejle, DK, Denmark / Instituto de Biociências. Departamento de Ciências Químicas e Biológicas. Universidade Estadual Paulista. Botucatu, SP, Brasil.
Department of Clinical Genetics. University Hospital of Southern Denmark. Beriderbakken. Vejle, DK, Denmark.
Hospital do Câncer de Barretos. Departamento de Oncologia Médica. Fundação Pio XII. Barretos, SP, Brasil.
Instituto de Tecnologia em Saúde. SENAI CIMATEC. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina Fortaleza. Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos. Departamento de Fisiologia e Farmacologia. Fortaleza, CE, Brasil.
Instituto de Tecnologia em Saúde. SENAI CIMATEC. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina Fortaleza. Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos. Departamento de Fisiologia e Farmacologia. Fortaleza, CE, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina Fortaleza. Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos. Departamento de Fisiologia e Farmacologia. Fortaleza, CE, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Departamento de Cirurgia de Cabeça e Pescoço. São Paulo, SP, Brasil / Instituto do Câncer do Estado de São Paulo. Centro de Pesquisa Translacional em Oncologia. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade Estadual Paulista. Instituto de Biociências. Departamento de Ciências Químicas e Biológicas. Botucatu, SP, Brasil.
Department of Clinical Genetics. University Hospital of Southern Denmark. Beriderbakken Vejle, DK, Denmark / Institute of Regional Health Research. University of Southern Denmark. Odense, Denmark / Universidade Estadual Paulista. Hospital Faculdade de Medicina de Botucatu. Botucatu, SP, Brasil.
Department of Clinical Genetics. University Hospital of Southern Denmark. Beriderbakken. Vejle, DK, Denmark.
Hospital do Câncer de Barretos. Departamento de Oncologia Médica. Fundação Pio XII. Barretos, SP, Brasil.
Instituto de Tecnologia em Saúde. SENAI CIMATEC. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina Fortaleza. Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos. Departamento de Fisiologia e Farmacologia. Fortaleza, CE, Brasil.
Instituto de Tecnologia em Saúde. SENAI CIMATEC. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina Fortaleza. Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos. Departamento de Fisiologia e Farmacologia. Fortaleza, CE, Brasil.
Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina Fortaleza. Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Medicamentos. Departamento de Fisiologia e Farmacologia. Fortaleza, CE, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Departamento de Cirurgia de Cabeça e Pescoço. São Paulo, SP, Brasil / Instituto do Câncer do Estado de São Paulo. Centro de Pesquisa Translacional em Oncologia. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade Estadual Paulista. Instituto de Biociências. Departamento de Ciências Químicas e Biológicas. Botucatu, SP, Brasil.
Department of Clinical Genetics. University Hospital of Southern Denmark. Beriderbakken Vejle, DK, Denmark / Institute of Regional Health Research. University of Southern Denmark. Odense, Denmark / Universidade Estadual Paulista. Hospital Faculdade de Medicina de Botucatu. Botucatu, SP, Brasil.
Abstract
Background: Although the clinical signs of inflammatory breast cancer (IBC) resemble acute inflammation, the role played by infiltrating immune and stromal cells in this aggressive disease is uncharted. The tumor microenvironment (TME) presents molecular alterations, such as epimutations, prior to morphological abnormalities. These changes affect the distribution and the intricate communication between the TME components related to cancer prognosis and therapy response. Herein, we explored the global DNA methylation profile of IBC and surrounding tissues to estimate the microenvironment cellular composition and identify epigenetically dysregulated markers. Methods: We used the HiTIMED algorithm to deconvolve the bulk DNA methylation data of 24 IBC and six surrounding non-tumoral tissues (SNT) (GSE238092) and determine their cellular composition. The prognostic relevance of cell types infiltrating IBC and their relationship with clinicopathological variables were investigated. CD34 (endothelial cell marker) and CD68 (macrophage marker) immunofluorescence staining was evaluated in an independent set of 17 IBC and 16 non-IBC samples. Results: We found lower infiltration of endothelial, stromal, memory B, dendritic, and natural killer cells in IBC than in SNT samples. Higher endothelial cell (EC) and stromal cell content were related to better overall survival. EC proportions positively correlated with memory B and memory CD8+ T infiltration in IBC. Immune and EC markers exhibited distinct DNA methylation profiles between IBC and SNT samples, revealing hypermethylated regions mapped to six genes (CD40, CD34, EMCN, HLA-G, PDPN, and TEK). We identified significantly higher CD34 and CD68 protein expression in IBC compared to non-IBC. Conclusions: Our findings underscored cell subsets that distinguished patients with better survival and dysregulated markers potentially actionable through combinations of immunotherapy and epigenetic drugs.
Keywords in Portuguese
Metilação do DNADeconvolução
Células endoteliais
Silenciamento epigenético
Marcadores imunológicos
Câncer de mama inflamatório
Microambiente tumoral
Keywords
DNA methylationDeconvolution
Endothelial cells
Epigenetic silencing
Immune markers
Inflammatory breast cancer
Tumor microenvironment
Share