| Autor | Santos, Marlon D. M. | |
| Autor | Camillo-Andrade, Amanda C. | |
| Autor | Rodriguez, Azalia | |
| Autor | Durán, Rosario | |
| Data de acesso | 2024-12-25T13:21:02Z | |
| Data de disponibilização | 2024-12-25T13:21:02Z | |
| Data do publicação | 2024 | |
| Citação | SANTOS, Marlon D. M. et al. A module for analyzing interactomes via APEX-MS integrated into PatternLab for proteomics. Journal of the American Society for Mass Spectrometry, v. 35, n. 5, p. 1055−1058, 2024. | en_US |
| ISSN | 1879-1123 | en_US |
| URI | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/67778 | |
| Descrição | The Supporting Information is available free of charge at https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jasms.3c00382 | en_US |
| Fomento | The authors thank CNPq, Fiocruz INOVA Idéias and Inova Produtos, Fiocruz−PEP, Fundação Araucaria, and FOCEM-COF 03/11 and ANII, FCE_1_2019_1_155569 for financial support. A.R. was supported by ANII, CAP (Udelar), and PEDECIBA. | en_US |
| Idioma | eng | en_US |
| Editor | ACS Publications | en_US |
| Direito Autoral | restricted access | |
| Palavras-chave | PatternLab para proteômica | en_US |
| Palavras-chave | Peroxidase | en_US |
| Palavras-chave | Interactoma | en_US |
| Palavras-chave | Interação proteína-proteína | en_US |
| Título | A Module for analyzing interactomes via APEX-MS integrated into PatternLab for proteomics | en_US |
| Tipo do documento | Article | |
| DOI | 10.1021/jasms.3c00382 | |
| Resumo em Inglês | Proximity labeling techniques, such as APEX-MS, provide valuable insights into proximal interactome mapping; however, the verification of biotinylated peptides is not straightforward. With this as motivation, we present a new module integrated into PatternLab for proteomics to enable APEX-MS data interpretation by targeting diagnostic fragment ions associated with APEX modifications. We reanalyzed a previously published APEX-MS data set and report a significant number of biotinylated peptides and, consequently, a confident set of proximal proteins. As the module is part of the widely adopted PatternLab for proteomics software suite, it offers users a comprehensive, easy, and integrated solution for data analysis. Given the broad utility of the APEX-MS technique in various biological contexts, we anticipate that our module will be a valuable asset to researchers, facilitating and enhancing interactome studies. PatternLab’s APEX, including a usage protocol, is available at http://patternlabforproteomics.org/apex. | en_US |
| Afiliação | Institut Pasteur de Montevideo. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable. Analytical Biochemistry and Proteomics Unit. Montevideo, Uruguay / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica Estrutural e Computacional. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Afiliação | Institut Pasteur de Montevideo. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable. Analytical Biochemistry and Proteomics Unit. Montevideo, Uruguay / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Proteômica Estrutural e Computacional. Curitiba, PR, Brasil. | en_US |
| Afiliação | Institut Pasteur de Montevideo. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable. Analytical Biochemistry and Proteomics Unit. Montevideo, Uruguay / Universidad de la Republica. Facultad de Química. Montevideo, Uruguay. | en_US |
| Afiliação | Institut Pasteur de Montevideo. Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable. Analytical Biochemistry and Proteomics Unit. Montevideo, Uruguay. | en_US |
| Palavras-chave em inglês | APEX-MS | en_US |
| Palavras-chave em inglês | PatternLab for proteomics | en_US |
| Palavras-chave em inglês | Peroxidase | en_US |
| Palavras-chave em inglês | Interactomes | en_US |
| Palavras-chave em inglês | Protein−protein interactions | en_US |
| DeCS | Proteômica | en_US |
| Data de embargo | 2034 | |
