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Article
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Open access
Sustainable Development Goals
03 Saúde e Bem-Estar
09 Indústria, inovação e infraestrutura
17 Parcerias e meios de implementação
 
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RAPID SPREAD OF THE SARS-COV-2 OMICRON XDR LINEAGE DERIVED FROM RECOMBINATION BETWEEN XBB AND BA.2.86 SUBVARIANTS CIRCULATING IN BRAZIL IN LATE 2023
Gomes, Ighor Leonardo Arantes et al. | Date Issued: 2024
Author
Gomes, Ighor Leonardo Arantes
Ito, Kimihito
Gomes, Marcelo Ferreira da Costa
Carvalho, Felipe Cotrim de
Almeida, Walquiria Aparecida Ferreira de
Cunha, Antônio Ricardo Khouri
Miyajima, Fabio
Wallau, Gabriel da Luz
Naveca, Felipe Gomes
Pereira, Elisa Cavalcante
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Resende, Paola Cristina
Bello Bentancor, Gonzalo José
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Hokkaido University. International Institute for Zoonosis Control. Hokkaido, Japan.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Programa de Computação Científica. Grupo de Métodos Analíticos em Vigilância Epidemiológica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria de Vigilância em saúde e Ambiente. Coordenação-Geral de Vigilância das Doenças Imunopreveníveis. Departamento do Programa Nacional de Imunizações. Brasília, DF, Brasil.
Secretaria de Vigilância em saúde e Ambiente. Coordenação-Geral de Vigilância das Doenças Imunopreveníveis. Departamento do Programa Nacional de Imunizações. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Eusébio, CE, Brasil.
National Reference Center for Tropical Infectious Diseases. WHO Collaborating Center for Arbovirus and Hemorrhagic Fever Reference and Research. Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine. Department of Arbovirology. Hamburg, Germany / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhaes. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Virus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Núcleo de Vigilância de Virus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
Recombination plays a crucial role in the evolution of SARS-CoV-2. The Omicron XBB* recombinant lineages are a noteworthy example, as they have been the dominant SARS-CoV-2 variant worldwide in the first half of 2023. Since November 2023, a new recombinant lineage between Omicron subvariants XBB and BA.2.86, designated XDR, has been detected mainly in Brazil. In this study, we reconstructed the spatiotemporal dynamics and estimated the absolute and relative transmissibility of the XDR lineage. The XDR lineage displayed a recombination breakpoint in the ORF1a-coding region, and the most closely related sequences to the 5′ and 3′ ends of the recombinant correspond to JD.1.1 and JN.1.1 lineages, respectively. The first XDR sequences were detected in November 2023 in the Northeastern Brazilian region, and their prevalence rapidly surged from <1% to 25% by February 2024. The Bayesian phylogeographic analysis supports that the XDR lineage likely emerged in the Northeastern Brazilian region around late October 2023 and rapidly disseminated within and outside Brazilian borders from mid-November onward. The median effective reproductive number of the XDR lineage in Brazil during the initial expansion phase was estimated to be around 1.5, and the average relative instantaneous reproduction numbers of XDR and JN* lineages were estimated to be 1.37 and 1.29 higher than that of co-circulating XBB* lineages. In summary, these findings support that the recombinant lineage XDR arose in the Northeastern Brazilian region in October 2023, shortly after the first detection of JN.1 sequences in the country. In Brazil, the XDR lineage exhibited a higher transmissibility level than its parental XBB.* lineages and is spreading at a rate similar to or slightly faster than the JN.1* lineages.
Keywords
SARS-CoV-2
XDR
Brazil
Recombination
Phylogeography
 
DeCS
SARS-CoV-2
Brasil
Filogeografia
 
Publisher
American Society for Microbiology
Citation
GOMES, Ighor Leonardo Arantes et al. Rapid spread of the SARS-CoV-2 Omicron XDR lineage derived from recombination between XBB and BA.2.86 subvariants circulating in Brazil in late 2023. Microbiology Spectrum, v. 13, n. 1, p. 1-13, 29 Nov. 2024.
DOI
10.1128/spectrum.01193-24
ISSN
2165-0497
Notes
Produção científica do Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos.
Produção científica do Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais.