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SALIVA COMO ESPÉCIME CLÍNICO ALTERNATIVO PARA DETECÇÃO DE SARS-COV-2: AVALIAÇÃO COMPARATIVA COM AMOSTRAS DE OROFARINGE E DE NASOFARINGE
Alternative title
Saliva as alternative clinical specimen for the detection of SARS-COV-2: a comparative evaluation with oropharyngeal and nasopharyngeal samplesAuthor
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Abstract in Portuguese
Amostras do trato respiratório superior (swab de nasofaringe e de orofaringe) são utilizdas em associação a RT-qPCR(Reação em cadeia da polimerase quantitativa precedida de transcrição reversa) no método padrão-ouro para diagnostico de infecções agudas por SARS-CoV-2. No entanto, a coleta de amostras de nasofaringe é difícil e desconfortável, principalmente para crianças e pacientes com coagulopatias, pois costuma causar sangramento. Assim, esse tipo de diagnóstico representa uma limitação de grande importância principalmente para pacientes hematológicos, que precisam ser rastreados rotineiramente para COVID-19 durante sua internação. O objetivo deste estudo foi avaliar a eficiência e a acurácia da saliva para a detecção de SARS-CoV-2 em pacientes com distúrbios hematológicos hemorrágicos. Amostras pareadas de swabs de nasofaringe (SNF) e orofaringe (SOF) e de saliva foram coletadas de pacientes hospitalizados com doenças hematológicas e de profissionais de saúde sintomáticos e assintomáticos para COVID-19. Todas as amostras foram avaliadas para SARS-CoV-2 por RT-qPCR. Foram incluídos 1.683 indivíduos, sendo 1.159 pacientes com doenças hematológicas e 524 profissionais de saúde. A frequência de detecção de SARSCoV-2 em SNF, SOF e saliva foi de 16,9%, 14,4% e 15,6%, respectivamente. A taxa de detecção viral foi significativamente maior em SNF, SOF e saliva de sintomáticos que nos assintomáticos (p <0,001). Testes em amostras de saliva mostraram sensibilidade, especificidade e concordância geral de 73,3%, 96,9% e 92,7% ( = 0,74), respectivamente. A área sob a curva ROC da saliva (AUC = 0,70) demonstrou que a utilização dessa amostra teve boa acurácia para discriminar RT-qPCR negativo e positivo para SARS-CoV-2. Uma sensibilidade maior foi observada em sintomáticos que em assintomáticos, bem como em indivíduos saudáveis, em comparação com pacientes com doença hematológica. A carga viral média em NPS (Ct [cycle threshould]=24,9) foi significativamente menor que em OPS (Ct=30,1) e em amostras de saliva (Ct=32,1) (p <0,001). Os parâmetros de validação demonstraram que a saliva pode ser uma boa ferramenta diagnóstica alternativa para a detecção de SARS-CoV-2, especialmente entre pacientes sintomáticos com COVID-19 e para triagem de pacientes hospitalizados com doenças hematológicas, especialmente para aqueles com distúrbios hemorrágicos.
Abstract
The gold standard diagnosis of acute SARS-CoV-2 infections is mainly based on samples from the upper respiratory tract (nasopharyngeal and oropaharyngeal swab), using the RT-qPCR (reverse transcription quantitative polymerase chain reaction) technique. However, collecting samples from the nasopharynx is difficult and uncomfortable, especially for children and patients with coagulopathies, as it usually causes bleeding. Thus, this type of diagnosis represents a limitation of great importance, especially for hematological patients, who need to be routinely screened for COVID-19 during their hospitalization. The aim of this study was to evaluate the efficiency and accuracy of saliva for the diagnosis of SARS-CoV-2 in patients with bleeding disorders. Paired samples of nasopharyngeal swabs (NPS), oropharyngeal swabs (OPS) and saliva were collected from hospitalized patients with hematologic diseases and from healthcare professionals, both symptomatic and/or asymptomatic for COVID-19. All samples were screened for SARS-CoV-2 by qRT-PCR. A total of 1,683 individuals were included, of which 1,159 were patients with hematological diseases and 524 were health professionals. The frequency of detection of SARSCoV-2 in NPS, OPS and saliva was 16.9%, 14.4% and 15.6%, respectively. Tests on saliva samples showed sensitivity, specificity, and overall agreement of 73.3%, 96.9% and 92.7% (= 0.74) respectively. The area under the ROC curve of saliva (AUC = 0.70) demonstrated that this test had good accuracy in discriminating negative and positive RT-qPCR for SARS-CoV-2. A higher sensitivity was observed in symptomatic patients than in non-symptomatic, as well as in healthy subjects compared to patients with hematologic disease. the viral load in NPS (Ct=24.9) was significantly lower than in OPS (Ct=30.1) and saliva samples (Ct=32.1) (p<0.001). Validation parameters demonstrated that saliva can be a good alternative diagnostic tool for the detection of SARS-CoV-2, especially among symptomatic patients with COVID-19 and for screening hospitalized patients with hematological diseases, especially for those with bleeding disorders.
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