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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/69014
DESENVOLVIMENTO DE L-ASPARAGINASE HUMANA PARA TRATAMENTO DE LEUCEMIA LINFOIDE AGUDA
Leucemia-Linfoma Linfoblástico de Células Precursoras
Expressão Gênica
Pinheiro, Maísa Pessoa | Date Issued:
2024
Alternative title
Development of a human L-asparaginase for the treatment of acute lymphoblasctic leukemiaAuthor
Advisor
Co-advisor
Comittee Member
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract in Portuguese
A L-asparaginase é uma enzima de relevância terapêutica para o tratamento da Leucemia Linfóide Aguda (LLA). As formulações comercialmente disponíveis apresentam limitações ao uso clínico principalmente devido às reações imunogênicas associadas à origem bacteriana dessas enzimas. Fontes alternativas desse medicamento, com maior compatibilidade biológica para o paciente e que apresentem propriedades similares ou melhoradas aos comercialmente disponíveis, são de interesse farmacológico. O domínio N-terminal da lisofosfolipase humana (hASNase1) possui atividade asparaginásica e apresenta potencial para reduzir problemas de imunogenicidade, embora essa enzima apresente baixa afinidade ao substrato L-asparagina. A proposta é otimizar a expressão proteica da hASNase1 em Escherichia coli (E. coli) e reproduzir a melhor condição para as enzimas variantes propostas por desenho racional, com o objetivo de obter mutantes que apresentem alta eficiência enzimática e baixa imunogenicidade quando comparadas às enzimas bacterianas. Ensaios das condições de expressão da hASNase1 em E. coli mostraram que a maior parte da proteína recombinante permaneceu na fração insolúvel do lisado bacteriano. Diferentes protocolos de solubilização dos corpúsculos de inclusão foram testados para recuperar a proteína recombinante, contudo esses não foram bem-sucedidos para redução da insolubilidade da hASNase1. Os corpos de inclusão foram solubilizados mediante o uso de ureia. Contudo, etapas de renaturação não foram eficazes para garantir a recuperação da atividade enzimática. A condição de cultivo em baixa temperatura (15 ºC) e baixa concentração de IPTG (0,25mM) foi padronizada para expressão da hASNase1 para obtenção de maiores concentrações de proteína na forma solúvel. Diferentes estratégias de purificação foram avaliadas para isolamento da hASNase1, porém, não obtivemos êxito na redução de alguns contaminantes, como proteínas constitutivas de choque térmico (“heat shock”). O uso de tampões com ATP 10 mM e asparagina 25 mM ajudaram a enfraquecer a interação entre GroEl (“heat shock”) e hASNase1, mas não foram efetivos para redução satisfatória de contaminantes ao final da cromatografia de afinidade. A expressão dos oito mutantes propostos por desenho racional seguiu a padronização da condição de expressão e separação proteica adotada para a hASNase1 selvagem. Os mutantes foram avaliados quanto à sua atividade catalítica e os resultados do ensaio de Nessler evidenciaram um aumento de atividade enzimática para todas as variantes, exceto o mutante 8, em comparação com a hASNase1. O mutante 4 se destacou dos demais por apresentar atividade 52 vezes maior que a enzima selvagem. O perfil de imunogenicidade dos mutantes avaliado por predições in silico indicou que não houve surgimento de novos epítopos. Análises de Dinâmica Molecular (DM) com o Mutante 4 mostraram que a permanência do substrato na região do sítio favoreceu a catálise quando comparado com a enzima selvagem. Os resultados foram satisfatórios e demonstraram que tal desenho experimental tem potencial para o desenvolvimento e obtenção de enzimas com atividade asparaginásica superior à hASNase1, apontando para o alcance de um substituto promissor às enzimas comercialmente disponíveis e com um potencial de menor imunogenicidade.
Abstract
L-asparaginase is an enzyme of therapeutic relevance for treating Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). Commercially available formulations have limitations for clinical use mainly due to the immunogenic reactions associated with the bacterial origin of these enzymes. Alternative medication sources of pharmacological interest would include an enzyme with greater biological compatibility for the patient and similar properties to the commercially available ones. The N-terminal domain of human lysophospholipase (hASNase1) displays asparaginase activity and has the potential to reduce immunogenicity issues, although this enzyme has a low affinity for the substrate L-asparagine. The proposal is to develop methodologies for protein expression optimization of hASNase1 in Escherichia coli (E. coli) and to reproduce the best condition for the proposed variant enzymes through rational design, aiming to obtain mutants that exhibit high enzymatic efficiency and low immunogenicity when compared to bacterial enzymes. Assays of hASNase1 expression in E. coli under different conditions showed that most of the protein remained in the insoluble fraction of the bacterial lysate. The wild-type enzyme was subjected to different protocols for solubilizing inclusion bodies, but they were not successful in reducing the insolubility of hASNase1. The inclusion bodies were solubilized using urea. However, refolding was not effective in ensuring the recovery of the enzyme's catalytical function. The cultivation condition at low temperature and low concentration of IPTG (0.25 mM) was standardized for the expression of hASNase1 to obtain higher concentrations of soluble protein. Different purification strategies were evaluated to purify hASNase1, however, we failed to reduce contaminants, such as constitutive heat shock proteins, which hindered the isolation of hASNase1. Using buffers with 10 mM ATP and 25 mM asparagine helped weaken the interaction between GroEl and hASNase1 but were ineffective in reducing contaminants at the end of the affinity chromatography. The expression of the eight mutant asparaginases proposed by rational design followed the standardization of the expression condition and protein separation adopted for hASNase1. The mutants were evaluated for their catalytic activity, and the Nessler assay results showed an increase in enzymatic activity for all variants, except for mutant 8, compared to hASNase1. Mutant 4 stood out by showing 52 times greater activity than the wild-type enzyme. The immunogenicity profile of the mutants evaluated by in silico predictions indicated that no new epitopes emerged. Molecular Dynamics (MD) analyses with Mutant 4 showed that the presence of the substrate in the proximity of the catalytic site region favored catalysis when compared to the wild-type enzyme. The results were satisfactory and demonstrated the potential to obtain enzymes with activity superior to hASNase1, indicating the achievement of a promising substitute for commercially available enzymes with the potential for lower immunogenicity.
Keywords in Portuguese
AsparaginaseLeucemia-Linfoma Linfoblástico de Células Precursoras
Expressão Gênica
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