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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/70120
PHENOTYPICAL AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF ACINETOBACTER BAUMANNII ISOLATED FROM HOSPITALIZED PATIENTS DURING THE COVID-19 PANDEMIC IN BRAZIL
COVID-19
Antimicrobial resistant
Biofilm
FTIR
MALDI TOF/MS
rRNA 16S sequencing
Typing
Epidemiology
Healthcare-associated infections
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Hospital de Força Aérea do Galeão. Força Área Brasileira. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Interdisciplinar de Pesquisa Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Seção de Indicadores Analíticos e Sistemas de Dados. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Adams Hill. Keyworth. Nottingham, Reino Unido.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Hospital de Força Aérea do Galeão. Força Área Brasileira. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório Interdisciplinar de Pesquisa Médica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Seção de Indicadores Analíticos e Sistemas de Dados. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Adams Hill. Keyworth. Nottingham, Reino Unido.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Laboratório de Controle Microbiológico. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
The goal of the present study was to analyze Acinetobacter baumannii strains isolated from hospitalized patients in the period of the COVID-19 pandemic by phenotypic and molecular methods and evaluate their antimicrobial resistance patterns and biofilm production. Forty-seven strains were isolated in 2021–2022 from a hospital in Brazil, and were identified by VITEK®2, MALDI-TOF/MS (VITEK MS® and MALDI Biotyper®), and 16S rRNA sequencing. Fourier-transform infrared (FTIR) spectroscopy was applied for typing and antimicrobial susceptibility testing (AST). In addition, biofilm formation and disinfectant tolerance tests were used. All methods accurately identified all the A. baumannii strains. FTIR typing identified 23 different profiles and 11 clusters, as well as differentiated between the strains from patients with and without COVID-19. Most strains exhibited resistance to the drugs tested, 91.5% of the strains were classified as XDR, 6.4% of the strains were MDR and only 1 strain was classified as non-MDR. Over half of the strains (n = 27, 57.4%) produced biofilms on polystyrene. Sodium hypochlorite (1.0%/15 min) was the best option for effective disinfection. Overall, this study will lay the foundation for further research on effective cleaning protocols for the eradication of A. baumannii biofilms, as well as the use of FTIR for pathogen surveillance in healthcare settings.
Keywords
A. baumanniiCOVID-19
Antimicrobial resistant
Biofilm
FTIR
MALDI TOF/MS
rRNA 16S sequencing
Typing
Epidemiology
Healthcare-associated infections
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