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Title: Reposicionamento de fármacos para maláriaum método que identifica alvos no domínio das doenças negligenciadas
Advisor: Silva, Fabricio Alves Barbosa da
Caffarena, Ernesto Raul
Members of the board: Aves, Marcelo Ribeiro
Coimbra, Roney
Dávila, Alberto Martin Rivera
Passetti, Fábio
Authors: Barçante, Eduardo
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: O atual cenário da Biologia Computacional conta com o know-how de diversas áreas tecnológicas voltadas para informação, computação e, especialmente, para construção e uso de bancos de dados na Internet como MEDLINE, PubMed, PDB. Na medida em que essas bases de dados possibilitam o aumento no registro de produção, estoque e circulação de dados genéticos, também viabilizam, em anos recentes, ambientes para acessar, integrar e produzir o novo conhecimento. O reuso desses dados, isto é, a transformação e o emprego desses dados em um processo diferente do qual os dados foram originalmente concebidos, torna-se um desafio em pesquisas na área biológica. Os problemas surgem pela falta de estrutura textual ou marcação para processamento por computadores. Neste trabalho, foi desenvolvido um método que identifica nomes de proteínas que servirão de substrato às práticas laboratoriais de reposicionamento de medicamentos. Dentre as fontes citadas, foram empregados, inicialmente, documentos textuais digitais do PubMed, a principal fonte de informação das ciências da saúde da Biblioteca Nacional de Medicina (National Library of Medicine). Esta base foi explorada com métodos e recursos da mineração de textos que são amplamente empregados para extrair termos relacionados aos nomes de proteínas no domínio das doenças negligenciadas. Os resultados obtidos após o processamento de 8444 artigos relacionados ao termo malaria do PubMed revelaram 254 fármacos candidatos ao reposicionamento. Dentre estes, três fármacos (Amitriptyline, Trimethoprim e Methrotrexate) foram comprovados, por meio de uma busca não exaustiva na literatura biomédica, que são utilizados em experimentos para o tratamento de malária. Por outro lado foi possível sugerir um conjunto de proteínas ou moléculas que poderão servir de insumos na fase inicial da cadeia de produção de medicamentos que é o screening de moléculas
Abstract: The current scenario of computational biology relies on the know - how of many technological areas, w ith focus on information, computing, and, particularly on the construction and use of existing Internet databases such as MEDLINE, PubMed and PDB. In recent years, these databases provide an environment to access, integrate and produce new knowledge by sto ring ever increasing volumes of genetic or protein data The transformation and management of these data in a different way from the one that were originally thought can be a challenge for research in biology. The problems appear by the lack of textual stru cture or appropriate markup tags. In this study, It aimed to develop a method that identifies proteins names that will serve as a substrate to laboratory practices for drug repositioning. Among the sources cited , It was initially explored digital text do cuments from PubMed, the main source of information about Health Sciences of the National Library Medicine. This base was explored with text mining methods and resources that are widely used to extract terms related to proteins names in domain of neglected diseases. The results obtained after the processing of 8444 articles related to term malaria in PubMed revealed 254 drugs candidates for repositioning. Among these, three drugs (Amitriptyline, Trimethoprim and Methrotrexate) were confirmed by a non - exhaus tive search in the biomedical literature, that are used in experiments to treat malaria. On the other hand we can suggest a set of proteins or molecules that can serve as inputs in screening of molecules, the early stage of the drug production chain
DeCS: Armazenamento e Recuperação da Informação
Mineração de Dados
Semântica
Proteínas
Issue Date: 2015
Citation: BARÇANTE, E. Reposicionamento de fármacos para maláriaum método que identifica alvos no domínio das doenças negligenciadas. 2105. 125f. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2015
Date of defense: 2015-03-13
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Programa de Pós-Graduação Biologia Computacional e Sistemas
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação Biologia Computacional e Sistemas
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBCS - Dissertações de Mestrado

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