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Title: Impacto dos Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) nos genes humanos da interleucina 28B (IL28B) e da inosina trifosfato pirofosfatase (ITPA) sobre o tratamento da Hepatite C
Advisor: Lampe, Elisabeth
Members of the board: Araujo, Natalia Motta de
Amado, Luciane Almeida
Hoffmann, Luísa
Mello, Francisco Campello do Amaral
Pardini, Maria Inês
Authors: Ramos, Nathália Motta Delvaux
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) representa um grave problema de saúde pública no Brasil e apesar dos recentes progressos, o tratamento ainda é um dos maiores desafios tanto em termos de efetividade clínica como de custo-benefício. A anemia hemolítica induzida pela ribavirina (RBV) é o principal efeito colateral no tratamento antiviral. Além dos fatores virais, fatores do hospedeiro têm papel fundamental no controle da infecção. Estudos recentes demonstraram que polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) nos genes da interleucina 28B (IL28B) estão fortemente associadas com a resolução espontânea (RE) da doença e com resposta virológica sustentada (RVS) e, no gene da inosina trifosfato pirofosfatase (ITPA) estão relacionados com a proteção contra a anemia. No gene IL28B, os genótipos CC no rs12979860, e TT no rs8099917 estão associados com a cura espontânea e com a resposta à terapia. No gene da ITPA, os genótipos CC no rs1127354 e AA no rs7270101 apresentam associação com a anemia. No entanto, a maioria dos métodos de identificação destes polimorfismos, atualmente disponíveis, é custosa. O objetivo geral deste trabalho foi determinar o perfil alélico dos genes IL28B e ITPA em amostras de pacientes com hepatite C, avaliar a associação dos polimorfismos do gene IL28B com resolução espontânea e terapêutica e, do gene da ITPA com a redução dos níveis de hemoglobina durante o tratamento antiviral. Neste trabalho, numa etapa inicial para o gene IL28B, quatro metodologias foram avaliadas em termos de especificidade, custo e tempo de execução: tetra-primer amplification-refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR), polimorfismo no comprimento do fragmento de restrição (RFLP); reação em cadeia da polimerase quantitativa (qPCR) e sequenciamento nucleotídeo Devido a próxima localização dos SNPs do gene ITPA, a genotipagem foi realizada por meio de sequenciamento nucleotídico. Um total de 281 amostras de sangue total de pacientes com infecção crônica pelo HCV foi estudado. Protocolos próprios para as técnicas ARMS-PCR e RFLP foram desenvolvidos e otimizados e, os resultados comparados com os do sequenciamento. Todos os métodos foram específicos, contudo o método ARMS-PCR apresentou os melhores resultados de acordo com a análise de custo-benefício. Em um segundo estudo, a frequência de polimorfismos do rs1127354 e rs7270101 do gene da ITPA foi avaliada em 200 pacientes com hepatite C crônica, e em 100 indivíduos saudáveis e, a associação com o desenvolvimento de anemia foi investigado em 97 pacientes que concluíram a terapia antiviral. A frequência global de distribuição alélica em rs7270101 e rs1127354 mostrou altas taxas dos genótipos AA (84,0%) e CC (94,3%), respectivamente, sugerindo que a coorte estudada possui uma grande propensão para o desenvolvimento de anemia induzida pela RBV. Ademais, constatamos uma diminuição progressiva de hemoglobina durante a terapia antiviral, sendo mais significante na 12ª semana e em pacientes do sexo masculino. No terceiro estudo, analisamos a associação entre os genótipos dos SNPs da IL28B com RE em 24 pacientes com hepatite aguda e em 111 pacientes crônicos com RVS tratados com PEG-IFN/RBV. O genótipo CC (rs12979860) e o genótipo TT (rs8099917) apresentaram associação com RE e o alelo C (rs12979860) apresentou forte associação (p=0,0045) com a RVS Estes dados confirmaram a importância destes genótipos no controle da infecção. Os resultados obtidos neste trabalho são importantes para um melhor entendimento dos fatores do hospedeiro associados com a eliminação espontânea do vírus, com a RVS e com a anemia induzida pela ribavirina no tratamento antiviral da infecção pelo HCV
Abstract: Hepatitis C virus (HCV) i nfection is a leading public health problem in Brazil . D espite of the recent progress, the treatment is still a major challenge in terms of both clinical - and cost - effectiveness. The r ibavirin (RBV) - induced anemi a is the major hematological effect of antiviral treatment. In addition to viral factors, the host factors play a fundamental role in infection control . Recent studies have shown that single nucleoti de polymorphisms (SNPs) in the genes of interleukin 28B ( IL28B) and inosine triphosphate pyrophosphatase (ITPA) are strongly associated with spontaneous clearence ( SC ) of the virus, with sustained virologic response (SVR) and with protection against anemia. In the IL28B gene, the CC genotype at rs12979860 and TT genotype at rs8099917 are associated with spontaneous clearance of virus and with response to therapy. In ITPA gene, CC genotype in rs1127354 and AA genotype at rs7270101 show association with anemia. However, most of the methods currently available for i dentifying these polymorphisms are costly. The aim of this study was to determine the allelic profile of IL28B and ITPA genes in samples from patients with hepatitis C, evaluate the association of polymorphisms in IL28B gene with spontaneous and treatment - induced clearance of HCV and , ITPA gene , w ith development of anemia during antiviral therapy. In this work, initially for IL28 gene , four techniques were evaluated in terms of specificity, cost and time of execution: tetra - primer amplification refractory m utation system - polymerase - chain reaction (ARMS - PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP); chain reaction quantitative polymerase (qPCR) and direct nucleotide sequencing . Due to SNPs location in ITPA gene, genotyping was performed by nucleotide sequencing. A total of 281 whole blood samples from patients with chronic HCV infection w ere studi ed. P rotocols for ARMS - PCR and RFLP techniques were developed and optimized and the results compared with those of sequencing. All methods were specific; howe ver, ARMS - PCR method showed the best results according to the cost - benefit analysis. In a second study, the frequency of rs1127354 and rs7270101 polymorphisms in ITPA gene was evaluated in 200 patients with chronic hepatitis C , and in 100 healthy individua ls, and the association with the development of anemia was investigated in 97 patients who completed the antiviral therapy. The overall allele frequency distribution at rs7270101 and at rs1127354 showed high rates of AA genotypes (84 .0 %) and CC genotypes ( 94.3%), respectively. These results suggest ed that the cohort has a high propensity for the development of RBV - induced anemia . Moreover, we noticed a progressive decrease in hemoglobin during antiviral therapy , more significant ly in the 12 th weeks and in male patients. In the third study, we analyzed the association between the IL28B SNPs with SC in 24 patients with acute hepatitis and in 111 chronic patients with SVR treated with PEG - IFN/ RBV. The CC genotype (rs12979860) and the TT genotype (rs8099917) we re associated with SC and the C allele (rs12979860) showed a strong association ( p = 0.0045) with the S VR . The data confirm the importance of these genotypes in infection control. Th ese results are also important for a better understanding of host factors associated with spontaneous clearance of the virus, with SVR and with RBV - induced anemia in antiviral treatment of HCV infection
DeCS: Inosina Trifosfato
Interleucinas
Polimorfismo de Nucleotídeo Único
Hepacivirus
Anemia
Issue Date: 2015
Citation: RAMOS, N. M. D. Impacto dos Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) nos genes humanos da interleucina 28B (IL28B) e da inosina trifosfato pirofosfatase (ITPA) sobre o tratamento da Hepatite C. 2015. 135f. Tese (Doutorado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2015
Date of defense: 2015-Ago-31
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Pós-Graduação em Biologia Parasitária
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Parasitária
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBP - Teses de Doutorado

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