Please use this identifier to cite or link to this item:
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17605
INVESTIGAÇÃO DE POLIMORFISMOS NO GENOMA DO VÍRUS DA DENGUE
Alternative title
Investigation of polymorphisms in the genome of dengue virusAuthor
Affilliation
Universidade Estadual de Santa Cruz. Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas. Itabuna, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Estadual de Santa Cruz. Departamento de Ciências Biológicas. Ilhéus, BA, Brasil.
Universidade Estadual de Santa Cruz. Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas. Ilhéus, BA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Estadual de Santa Cruz. Departamento de Ciências Biológicas. Ilhéus, BA, Brasil.
Universidade Estadual de Santa Cruz. Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas. Ilhéus, BA, Brasil.
Abstract in Portuguese
O presente estudo teve como objetivo caracterizar qualitativamente e quantitativamente o polimorfismo entre os quatro genótipos do vírus da Dengue - DENV-1, DENV-2, DENV-3 e DENV-4. Estudou-se a Densidade de Substituição Nucleotídica (NSD - Nucleotide Substitution Density) ao longo de cada genoma, identificando as regiões com maior taxa de mutação e/ou conservação. Posteriormente calculou-se a Densidade Média de Substituição Nucleotídica (ANSD - Average Nucleotide Substitution Density) para cada sorotipo. Observou-se que a ANSD do DENV-2 é 44,21% maior que a do DENV-1, 85% maior que a do DENV-3 e 163,31% maior que a do DENV-4. Observou-se que, contrariamente a DENV-2 e DENV-4, DENV-1 e DENV-3 têm padrões de comportamento mutacional similar entre eles. O domínio do gene da NS5 correspondente à RNA polimerase RNA-dependente do DENV-2 também tem taxa de mutação superior aos outros DENV. Isto sugere que a taxa de polimorfismo e a virulência podem estar correlacionados no DENV-2, o que poderia contribuir para o estudo da evolução da doença.
Abstract
In the present study, we investigated the nucleotide polymorphisms among the four genotypes of the Dengue virus - DENV-1, DENV-2, DENV-3 and DENV-4 - by qualitative and quantitative characterization. We studied the Nucleotide Substitution Density (NSD) along each genome identifying the regions with higher degree of mutation and/or conservation. Then, we calculated the Average Nucleotide Substitution Density (ANSD) for each serotype. We observed that the ANSD of DENV-2 is larger than for DENV-1 by 44.21%, DENV-3 by 85%, and DENV-4 by 163.31%. In contrast to DENV-2 and DENV-4, DENV-1 and DENV-3 showed a similar mutational behavior. The
NS5 domain from DENV-2 that corresponds to the RNA-dependent RNA polymerase also has a higher mutation rate compared to that of the other DENVs. This suggests that the polymorphism and the virulence can be correlated in DENV-2, which could contribute to the understanding of the disease evolution.
Share