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INFERÊNCIA GRAMATICAL APLICADA À MODELAGEM LINGÜÍSTICA DE REDES DE REGULAÇÃO BIOLÓGICAS
Modelagem Lingüística
Linguagens Sensíveis ao Contexto
Expressão Regular Aumentada
Inferência Gramatical
Linguistic Modeling
Context Sensitive Language
Augmented Regular Expression
Grammatical Inference
Alternative title
Grammatical inference applied to linguistic modeling of biological regulation networksAuthor
Affilliation
Abstract in Portuguese
Apresentamos uma metodologia baseada em algoritmos de inferência gramatical aplicada à modelagem lingüística de redes de regulação biológicas. A abordagem lingüística para o problema de redes de regulação foi proposta por Collado-Vides, que provou e formalizou a necessidade de utilização de linguagens sensíveis ao contexto para representar tais redes. A aprendizagem de linguagens sensíveis ao contexto é uma tarefa difícil; nossa metodologia propõe descrever tal classe a partir de linguagens de natureza mais simples, que possam ser aprendidas por algoritmos de inferência gramatical já consolidados. Além da metodologia proposta, sugerimos direções para esta pesquisa que nos parecem promissoras.
Abstract
We present a methodology based on grammatical inference algorithms applied to the linguistic modeling of biological regulation networks. The linguistic approach to the problem of regulation networks was proposed by COLLADOVIDES, who proved and formalized the need for use of context sensitive languages to represent such networks. The learning of context sensitive languages is a difficult task, our proposed methodology describes this class from language with a simpler nature that can be learned by already consolidated grammars inference algorithms. In addition to the proposed methodology, we suggest promising directions for this research.
Keywords in Portuguese
Regulação GênicaModelagem Lingüística
Linguagens Sensíveis ao Contexto
Expressão Regular Aumentada
Inferência Gramatical
Keywords
Gene RegulationLinguistic Modeling
Context Sensitive Language
Augmented Regular Expression
Grammatical Inference
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