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Title: Filodinâmica das variantes não-pandêmicas do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 Subtipo B no Brasil
Advisor: Bentancor, Gonzalo José Bello
Members of the board: Vicente, Ana Carolina Paulo
Soares, Marcelo Alves
Junqueira, Dennis Maletich
Pavan, Marcio Galvão
Delatorre, Edson Oliveira
Authors: Divino, Flávia Carolina de Paula
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: No Brasil, estima-se que aproximadamente 830.000 pessoas estejam infectadas com o vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1), agente causador da síndrome da imunodeficiência adquirida (aids). O HIV-1 exibe um extraordinário grau de variabilidade genética que se organiza em grupos (M, N, O e P) e subtipos (A-D,F-H, J e K). O subtipo B foi o primeiro a ser identificado pela comunidade científica internacional, representa aproximadamente 11% de todas as infecções causadas pelo HIV no mundo, com elevada prevalência nas Américas, na Europa, na Austrália assim como também em alguns países Asiáticos. O subtipo B possui uma variante globalmente distribuída (BPANDEMICO) e outras variantes principalmente restritas à região do Caribe (BCAR). Um estudo anterior conduzido pelo nosso grupo demonstrou uma alta prevalência (95%) da variante BPANDEMICO no Brasil, no entanto, o mesmo foi baseado em sequências subtipo B oriundas principalmente das regiões Sudeste, Sul e Centro-Oeste. O objetivo deste projeto é estimar a frequência das variantes BPANDEMICO e BCAR do HIV-1 subtipo B em indivíduos residentes em distintos estados e regiões do Brasil e caracterizar a dinâmica de disseminação espaço-temporal das variantes BCAR no país. Foram analisadas um total de 2.682 sequências da região pol do HIV-1 subtipo B provenientes de indivíduos de 21 estados brasileiros das cinco regiões do país recrutados entre 1998 e 2013. As análises filogenéticas de Máxima Verossimilhança revelaram a presença de variantes BCAR em 16 dos 21 estados brasileiros analisados. As variantes BCAR compreendem uma fração menor (<10%) de infecções do subtipo B na maioria dos estados brasileiros analisados, com exceção de Roraima (41%), Amazonas (14%) e Maranhão (14%) As análises filogeográficas Bayesianas indicam que as variantes BCAR foram introduzidas em diferentes estados de todas as regiões brasileiras desde a Hispaniola, Guiana Francesa e Guiana. Algumas dessas variantes provavelmente introduzidas através de Roraima, Maranhão e São Paulo entre o final dos anos 1970 e o início da década de 1980 estabeleceram epidemias secundárias na população brasileira e foram posteriormente disseminadas para outros estados. Estes resultados indicam que as epidemias do HIV-1 subtipo B em alguns estados brasileiros das regiões Norte e Nordeste apresentam um padrão molecular único caracterizado pela elevada prevalência de variantes BCAR que foram provavelmente introduzidas no país a mais de 30 anos. Estes resultados também apontam para uma forte ligação epidemiológica entre as epidemias de HIV-1 de Roraima, Amazonas e Maranhão e as epidemias do Caribe e de países do extremo norte da América do Sul como Guiana, Guiana Francesa e Suriname.
Abstract: Abstract: In Brazil, it is estimated that approximately 830,000 people are infected with the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), the causing agent of the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). HIV-1 exhibits an extraordinary degree of genetic variability that is organized into groups (M, N O and P) and subtypes (A-D, F-H, J and K). Subtype B was the first to be identified by the international scientific community and accounts for approximately 11% of all HIV infections in the world, reaching high prevalence in the Americas, Europe, Australia, and in some Asian countries. Subtype B epidemic comprises one variant globally distributed (BPANDEMIC) as well as other non-pandemic variants mostly restricted to the Caribbean region (BCAR). A previous study conducted by our group revealed a high prevalence (95%) of the BPANDEMIC variant in Brazil, however, that study was based on sequences originating mainly from the Southeast, South and Central-West regions. The objective of this project was to estimate the frequency of the BPANDEMIC and BCAR variants among subtype B-infected individuals from different Brazilian states and regions, and to characterize the spatiotemporal dissemination dynamics of the BCAR variants in Brazil. A total of 2,682 HIV-1 subtype B pol sequences collected from 21 different Brazilian states from the five country regions between 1998 and 2013 were analyzed Maximum Likelihood phylogenetic analyses revealed that the BCAR strains reached 16 out 21 Brazilian states here analyzed. The BCAR clades comprise a low fraction (<10%) of subtype B infections in most Brazilian states analyzed, with exception of Roraima (41%), Amazonas (14%) and Maranhão (14%). Bayesian phylogeographic analyses indicate that BCAR strains originally from the Hispaniola, French Guiana and Guiana were introduced at multiple times into different states from all Brazilian regions and a few of those strains, probably introduced into Roraima, Maranhão and São Paulo between the late 1970s and the early 1980s, established secondary outbreaks in the Brazilian population. These results support that the HIV-1 subtype B epidemics in some Brazilian states from the Northern and Northeastern regions display a unique molecular pattern characterized by the high prevalence of BCAR lineages that were probably introduced into the country more than 30 years ago. These results also point to a strong epidemiological link between the HIV-1 epidemics in Roraima, Amazonas and Maranhão and those epidemics in the Caribbean islands and in Northern South American countries like French Guiana, Guiana and Suriname
DeCS: HIV-1
Epidemiologia
Filogeografia
Brasil
Issue Date: 2017
Citation: DIVINO, F. C. de. P. Filodinâmica das variantes não-pandêmicas do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 Subtipo B no Brasil. 2017. 53f. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2017
Date of defense: 2017-02-20
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Programa de Pós - Graduação em Biologia Computacional e Sistemas
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBCS - Dissertações de Mestrado

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