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Title: Análise do perfil de expressão de microRNAs, RNAs que interagem com PIWI e RNAs nucleolares pequenos em diferentes subtipos de câncer de tiroide
Advisor: Passetti, Fabio
Authors: Costa, Mayla Abrahim
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract: O câncer de tiroide é um relevante problema de saúde pública por ser o tumor maligno mais comum do sistema endócrino. Para a obtenção de melhores tratamentos, estratégias distintas vêm sendo desenvolvidas, dentre elas a identificação de marcadores moleculares. Ao longo dos anos, RNAs não codificadores (ncRNA) passaram a ser identificados com a finalidade de serem usados como potenciais marcadores moleculares e alvos terapêuticos. Os ncRNAs pequenos (sncRNA) desempenham papel importante na ocorrência do câncer e resposta ao tratamento, a exemplo dos microRNAs (miRNA), RNAs que interagem com PIWI (piRNA) e RNAs nucleolares pequenos (snoRNAs). A fim de avaliar a expressão de sncRNAs das famílias miRNA, piRNA e snoRNA em amostras dos diferentes subtipos de câncer de tiroide, foram analisados dados públicos de sequenciamento de alto desempenho de amostras de câncer de tiroide dos subtipos tumorais carcinoma papilífero (PTC) (49 pacientes), carcinoma papilífero, variante folicular, (PCF) (7 pacientes) e carcinoma papilífero, variante Células Altas, (PCC) (3 pacientes), totalizando 118 amostras pareadas de amostra tumorais e normais adjacentes ao tumor Ao todo foram obtidos 46 sncRNA diferencialmente expressos, dos quais 40 são miRNAs, sendo 21 mais e 19 menos expressos em amostras tumorais do que em amostras normais adjacentes aos tumores. Foram identificados seis snoRNAs, dois mais e quatro menos expressos em amostras tumorais. Consideramos como constitutivamente expressos 34 sncRNAs, dentre os quais, destacando o piRNA hsa-piR-009294 constitutivamente expresso em todos os subtipos tumorais. Ao integrar os dados da expressão diferencial e de dispersão, foram identificados três miRNAs que apresentaram padrão de expressão similar nos subtipos tumorais PCC e PTC comparado ao padrão de expressão encontrado em amostras adjacentes aos tumores e amostras tumorais do subtipo tumoral PCF. Tais resultados mostram que as ferramentas usadas nesse trabalho são eficientes para identificar sncRNAs diferencialmente e constitutivamente expressos em amostras dos diferentes subtipos de câncer de tiroide. Os resultados encontrados no presente estudo corroboram dados obtidos por outros autores, bem como apresentam resultados inéditos, evidenciando uma alternativa viável na obtenção de novos potenciais marcadores moleculares
Abstract: Thyroid cancer is a public health problem and is considered the most common malignant tumor of the endocrine system. Aiming to obtain better treatments, different strategies have been developed, including the identification of molecular markers. Over the years, non-coding RNAs (ncRNAs) have been identified as potential molecular markers with the purpose of identifying novel therapeutic interventions. Studies show that small ncRNAs (sncRNAs), such as microRNAs (miRNAs), Piwi-interacting RNA (piRNA) and small nucleolar RNAs (snoRNAs) play important roles in cancer and response to treatment. In order to identify the miRNA, piRNA and snoRNAs constitutively and differentially expressed in samples of the different thyroid cancer subtypes. We analysed public data from high-throughput sequencing of thyroid cancer samples from the tumor subtypes carcinoma papillary (PTC) (49 patients), carcinoma papillary, follicular variant, (PCF) (7 patients), and carcinoma papillary, columnar cell variant, (PCC) (3 patients),accounting for 118 paired samples. Forty six differentially expressed sncRNAs were obtained, of which 40 were miRNAs Among them, 21 were detected as upregulated in tumor samples and 19 were downregulated. A total of six snoRNAs have been detected in all tumor subtype, 2 more expressed in tumor samples and 4 snoRNAs more expressed in normal samples. We identified 34 constitutively expressed sncRNAs and the piRNA has-piR-009294 can be highlighted as detected in the 3 tumor subtypes. The integration of the differential expression and dispersion analysis revealed three miRNAs presenting similar expression pattern in tumor subtypes PCC and PTC when compared to the constitutive expression pattern in normal and tumor samples of the PCF subtype. These results show that it was possible to detect sncRNAs differentially and constitutively expressed in samples of the different thyroid cancer subtypes. Our results corroborate those obtained by others and present novel findings, evidencing a viable alternative to search for novel potential molecular markers
keywords: Biologia Computacional
MicroRNAs
DeCS: RNA Nucleolar Pequeno
Neoplasias da Glândula Tireoide
Issue Date: 2017
Citation: COSTA, Mayla Abrahim. Análise do perfil de expressão de microRNAs, RNAs que interagem com PIWI e RNAs nucleolares pequenos em diferentes subtipos de câncer de tiroide. 2017. 83 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas)-Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2017.
Date of defense: 2017
Place of defense: Rio de Janeiro
Department: Instituto Oswaldo Cruz
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBCS - Dissertações de Mestrado

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