Analyzing marginal cases in differential shotgun proteomics

Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Rio de Janeiro, RJ. Brasi / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Departamento de Fisiologia e Farmacodinâmica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde. Rio de Janeiro, RJ. Brasi / Fundação Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Toxinologia. Departamento de Fisiologia e Farmacodinâmica. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
The Scripps Research Institute. Department of Chemical Physiology. La Jolla, CA, USA.
Universidade Federal do Rio de Janeiro. Programa de Ciência da Computação e Engenharia de Sistemas; Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
University of California. Department of Computer Science. Los Angeles, CA, USA.

Abstract

We present an approach to statistically pinpoint differentially expressed proteins that have quantitation values near the quantitation threshold and are not identified in all replicates (marginal cases). Our method uses a Bayesian strategy to combine parametric statistics with an empirical distribution built from the reproducibility quality of the technical replicates.

Keywords in Portuguese

Análises
Proteômica de espingarda
casos marginais
Estratégia Bayesiana

Keywords

shotgun proteomics
marginal cases
Bayesian strategy
analysis

Publisher

Oxford University Press

Citation

CARVALHO, Paulo C. et al. Analyzing marginal cases in differential shotgun proteomics. Bioinformatics, v.27, n.2, p.275-276, 2011.

DOI

10.1093/bioinformatics/btq632

ISSN

1367-4803

Please use this identifier to cite or link to this item: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/25575

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Embargo date

2030-01-01

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