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THE ONGOING COVID-19 EPIDEMIC IN MINAS GERAIS, BRAZIL: INSIGHTS FROM EPIDEMIOLOGICAL DATA AND SARS-COV-2 WHOLE GENOME SEQUENCING (PREPRINT)
Xavier, Joilson et al. | Date Issued: 2020
Author
Xavier, Joilson
Giovanetti, Marta
Adelino, Talita Émile Ribeiro
Fonseca, Vagner
Costa, Alana Vitor Barbosa da
Ribeiro, Adriana Aparecida
Felicio, Katlin Nascimento
Duarte, Clara Guerra
Silva, Marcos Vinicius Ferreira
Salgado, Alvaro
Lima, Mauricio Teixeira
Jesus, Ronaldo de
Fabri, Allison
Zoboli, Cristiane Franco Soares
Santos, Thales Gutemberg Souza
Iani, Felipe
Filippis, Ana Maria Bispo de
Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
Abreu, Andre Luiz de
Azevedo, Vasco de
Ramalho, Dario Brock
Melo, Carlos Frederico Campelo de Albuquerque e
Oliveira, Tulio de
Holmes, Edward C.
Lourenco, Jose
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Oliveira, Marluce Aparecida Assuncao
Affilliation
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / University of KwaZuluNatal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa / Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Ministério da Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério dda Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
University of KwaZuluNatal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.
University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.
University of Oxford. Department of Zoology. Oxford, UK.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética Celular e Molecular. Belo Horizonte, MG, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Abstract
The recent emergence of a previously unknown coronavirus (SARS-CoV-2), first confirmed in the city of Wuhan in China in December 2019, has caused serious public health and economic issues due to its rapid dissemination worldwide. Although 61,888 confirmed cases had been reported in Brazil by 28 April 2020, little was known about the SARS-CoV-2 epidemic in the country. To better understand the recent epidemic in the second most populous state in southeast Brazil (Minas Gerais, MG), we looked at existing epidemiological data from 3 states and sequenced 40 complete genomes from MG cases using Nanopore. We found evidence of multiple independent introductions from outside MG, both from genome analyses and the overly dispersed distribution of reported cases and deaths. Epidemiological estimates of the reproductive number using different data sources and theoretical assumptions all suggest a reduction in transmission potential since the first reported case, but potential for sustained transmission in the near future. The estimated date of introduction in Brazil was consistent with epidemiological data from the first case of a returning-traveler from Lombardia, Italy. These findings highlight the unique reality of MGs epidemic and reinforce the need for real-time and continued genomic surveillance strategies as a way of understanding and therefore preparing against the epidemic spread of emerging viral pathogens.
Keywords in Portuguese
COVID-19
Dados epidemiológicos
Minas Gerais
Brasil
Sequenciamento do genoma inteiro
SARS-CoV-2
Rede Genômica Fiocruz
GENOMAHCOV
 
Keywords
COVID-19
Epidemiological data
SARS-CoV-2
Whole genome sequencing
State of Minas Gerais
Brazil
 
Publisher
Taylor & Francis
Later version
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/62373
Citation
XAVIER, Joilson et al. The ongoing COVID-19 epidemic in Minas Gerais, Brazil: insights from epidemiological data and SARS-CoV-2 whole genome sequencing. Emerging Microbes & Infections, p. 1-26, May 2020.
DOI
10.1101/2020.05.05.20091611
ISSN
2222-1751
Notes
A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/