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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60051
GENOMIC DETECTION OF THE EMERGING, HIGHLY PATHOGENIC HIV-1 SUBTYPE D IN BAHIA, NORTHEAST BRAZIL
Author
Affilliation
Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brazil/Sciences and Technologies for Sustainable Development and One Health. University of Campus Bio-Medico. Italy, Rome
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil/Estado da Bahia. Secretaria Estadual de Saúde. Centro Estadual Especializado em Diagnóstico, Assistência e Pesquisa. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil
Estado da Bahia. Secretaria Estadual de Saúde. Centro Estadual. Salvador, BA, Brazil
Estado da Bahia. Secretaria Estadual de Saúde. Centro Estadual. Salvador, BA, Brazil
Rega Institute for Medical Research. Department of Immunology, Microbiology and Transplantation. KU Leuven. Leuven, Belgium
Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil/ Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil/Rega Institute for Medical Research. Department of Immunology, Microbiology and Transplantation. KU Leuven. Leuven, Belgium
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Rene Rachou. Belo Horizonte, MG, Brazil/Sciences and Technologies for Sustainable Development and One Health. University of Campus Bio-Medico. Italy, Rome
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil/Estado da Bahia. Secretaria Estadual de Saúde. Centro Estadual Especializado em Diagnóstico, Assistência e Pesquisa. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil
Estado da Bahia. Secretaria Estadual de Saúde. Centro Estadual. Salvador, BA, Brazil
Estado da Bahia. Secretaria Estadual de Saúde. Centro Estadual. Salvador, BA, Brazil
Rega Institute for Medical Research. Department of Immunology, Microbiology and Transplantation. KU Leuven. Leuven, Belgium
Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública. Salvador, BA, Brazil/ Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil
Fundação Oswaldo Cruz Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil/Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Salvador, BA, Brazil/Rega Institute for Medical Research. Department of Immunology, Microbiology and Transplantation. KU Leuven. Leuven, Belgium
Abstract
Background: The HIV subtype D is generally associated with a faster decline in CD4+ T cell counts, a higher viral load, and a faster progression to AIDS. However, it is still poorly characterized in Brazil. In this study, we used genomics and epidemiological data to investigate the transmission dynamics of HIV subtype D in the state of Bahia, Northeast Brazil. (2) Methods: To achieve this goal, we obtained four novel HIV-1 subtype D partial pol genome sequences using the Sanger method. To understand the emergence of this novel subtype in the state of Bahia, we used phylodynamic analysis on a dataset comprising 3704 pol genome sequences downloaded from the Los Alamos database. (3) Results: Our analysis revealed three branching patterns, indicating multiple introductions of the HIV-1 subtype D in Brazil from the late 1980s to the late 2000s and a single introduction event in the state of Bahia. Our data further suggest that these introductions most likely originated from European, Eastern African, Western African, and Southern African countries. (4) Conclusion: Understanding the distribution of HIV-1 viral strains and their temporal dynamics is crucial for monitoring the real-time evolution of circulating subtypes and recombinant forms, as well as for designing novel diagnostic and vaccination strategies. We advocate for a shift to active surveillance, to ensure adequate preparedness for future epidemics mediated by emerging viral strains.
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