Reconstruction of the Molecular Signatures and Dissemination Dynamics of Non-pandemic and Pandemic Variants of the Human Immunodeficiency Viruses Type 1 Subtype B in the Americas

Abstract

O subtipo B do HIV-1 é o subtipo do grupo M mais disseminado no mundo. Sua história foi marcada por dois eventos de fundação, o primeiro na Ilha de Hispaniola, o segundo na cidade de Nova York, nos EUA. Ambos levaram a radiações com alcances radicalmente distintos, já que o primeiro permaneceu ligado ao Caribe, dando origem à forma BCAR, e o segundo estendeu suas ramificações a vários continentes, estabelecendo o BPAN, o único cluster ao qual a maioria das infecções do subtipo B no mundo pode ser atribuída. de volta a. Aqui, as forças evolutivas que moldaram esta disseminação distinta foram investigadas por uma combinação de métodos filogenéticos e filodinâmicos. As assinaturas de aminoácidos (AAs) que diferenciam as duas formas foram encontradas principalmente fora dos domínios proteicos funcionais ou com apresentação em BCAR análoga a outros subtipos pandêmicos. Perfis de mutações de resistência a medicamentos e uso de co-receptores de quimiocinas também foram homogêneos entre eles. Os dados, portanto, não apoiam uma base virológica para a transmissibilidade reduzida observada nos agrupamentos de BCAR. A história espaçotemporal e a transmissibilidade de múltiplos clusters de BPAN e BCAR também foram investigadas em epidemias generalizadas na Hispaniola, Guiana Francesa, Antilhas Francesas e Brasil. Quando fatores sociocomportamentais, como modo de transmissão e configurações geográficas, foram normalizados, a transmissibilidade e a conectividade dos clusters, medidas pelo intervalo de tempo entre infecções sucessivas, foram encontradas dentro de uma gama de valores altamente semelhante, apoiando a cepa viral e a transmissibilidade como independentes. variáveis. A disseminação diferencial do cluster BCAR e BPAN, portanto, não está enraizada na sua composição molecular, mas nos fatores ecológicos relacionados aos grupos humanos que abrigam seus epicentros, como modo de transmissão, mobilidade e sua conectividade regional e global