Development and validation of RT-LAMP for detecting yellow fever virus in non-human primates samples from Brazil

Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular, Embriologia e Genética. Florianópolis, SC, Brasil / Governo de Santa Catarina. Secretaria da Saúde. Diretoria de Vigilância Epidemiológica. Florianópolis, SC, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular, Embriologia e Genética. Florianópolis, SC, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular, Embriologia e Genética. Florianópolis, SC, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Florianópolis, SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Mosquitos Transmissores de Hematozoários. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Mosquitos Transmissores de Hematozoários. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia. Florianópolis, SC, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Molecular de Parasitos e Vetores. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Entomologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular, Embriologia e Genética. Florianópolis, SC, Brasil / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Centro de Ciências da Saúde. Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Entomologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.

Abstract

Monitoring yellow fever in non-human primates (NHPs) is an early warning system for sylvatic yellow fever outbreaks, aiding in preventing human cases. However, current diagnostic tests for this disease, primarily relying on RT-qPCR, are complex and costly. Therefore, there is a critical need for simpler and more cost-effective methods to detect yellow fever virus (YFV) infection in NHPs, enabling early identification of viral circulation. In this study, an RT-LAMP assay for detecting YFV in NHP samples was developed and validated. Two sets of RT-LAMP primers targeting the YFV NS5 and E genes were designed and tested together with a third primer set to the NS1 locus using NHP tissue samples from Southern Brazil. The results were visualized by colorimetry and compared to the RT-qPCR test. Standardization and validation of the RT-LAMP assay demonstrated 100% sensitivity and specificity compared to RT-qPCR, with a detection limit of 12 PFU/mL. Additionally, the cross-reactivity test with other flaviviruses confirmed a specificity of 100%. Our newly developed RT-LAMP diagnostic test for YFV in NHP samples will significantly contribute to yellow fever monitoring efforts, providing a simpler and more accessible method for viral early detection. This advancement holds promise for enhancing surveillance and ultimately preventing the spread of yellow fever.

Keywords

Diagnosis
Yellow fever virus
Yellow fever
RT-LAMP

Publisher

Nature Research

Citation

CARDOSO, Sabrina Fernandes et al. Development and validation of RT-LAMP for detecting yellow fever virus in non-human primates samples from Brazil. Nature, v. 14, n. 22520, p. 1-10, 28 Sept. 2024.

DOI

10.1038/s41598-024-74020-4

ISSN

0028-0836

Notes

Produção científica do Laboratório de Biologia Molecular de Parasitos e Vetores.
Produção científica do Laboratório de Mosquitos Transmissores de Hematozoários.

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