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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/69799
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2030-12-31
Collections
- INI - Artigos de Periódicos [3646]
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POLYMORPHISMS IN HLA GENES AMONG BRAZILIAN PATIENTS HOSPITALIZED WITH COVID-19: INSIGHTS FROM A MULTICENTRIC STUDY
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/69566
Author
Berber, Gilcele de Campos Martin
Sarges, Kevin Matheus Lima de
Cruz, Thais Campos Dias da
Roma, Eric Henrique
Miyajima, Fábio
Almeida, Jorge Reis
Souza, Cíntia Fernandes de
Silva, Andrea Alice da
Vallinoto, Izaura Maria Vieira Cayres
Vallinoto, Antônio Carlos Rosário
Queiroz, Maria Alice Freitas
Baccin, Tatiana Gasperin
Castro, Andréa Cauduro de
Vieira, Angélica Thomaz
Azevedo, Francisco Kennedy Scoffoni de
Pereira, Alexandre da Costa
Falcão, Luiz Fábio Magno
Quaresma, Juarez Antônio Simões
Kehdy, Fernanda
Santos, Eduardo Tarazona
Siqueira, Marilda Mendonça
Garcia, Cristiana Couto
Santos, Eduardo José Melo dos
Slhessarenko, Renata Dezengrini
Sarges, Kevin Matheus Lima de
Cruz, Thais Campos Dias da
Roma, Eric Henrique
Miyajima, Fábio
Almeida, Jorge Reis
Souza, Cíntia Fernandes de
Silva, Andrea Alice da
Vallinoto, Izaura Maria Vieira Cayres
Vallinoto, Antônio Carlos Rosário
Queiroz, Maria Alice Freitas
Baccin, Tatiana Gasperin
Castro, Andréa Cauduro de
Vieira, Angélica Thomaz
Azevedo, Francisco Kennedy Scoffoni de
Pereira, Alexandre da Costa
Falcão, Luiz Fábio Magno
Quaresma, Juarez Antônio Simões
Kehdy, Fernanda
Santos, Eduardo Tarazona
Siqueira, Marilda Mendonça
Garcia, Cristiana Couto
Santos, Eduardo José Melo dos
Slhessarenko, Renata Dezengrini
Affilliation
Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Laboratório de Imunologia e Imunogenética em Doenças Infecciosas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Rede de Vigilância Genômica da Fiocruz. Laboratório de Epidemiologia Molecular por Competência Analítica. Eusébio, CE, Brasil.
Universidade Federal Fluminense. Laboratório Multiusuário de Apoio à Pesquisa em Nefrologia e Ciências Médicas. Niterói, RJ, Brasil.
Universidade Federal Fluminense. Laboratório Multiusuário de Apoio à Pesquisa em Nefrologia e Ciências Médicas. Niterói, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Entéricos e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal Fluminense. Laboratório Multiusuário de Apoio à Pesquisa em Nefrologia e Ciências Médicas. Niterói, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brasil.
Grupo Hospitalar Conceição. Departamento de Análises Clínicas. Porto Alegre, RS, Brasil.
Grupo Hospitalar Conceição. Departamento de Análises Clínicas. Porto Alegre, RS, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Bioquímica e Imunologia. Laboratório de Microbiota e Imunomodulação. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Hospital das Clínicas. InCor. Laboratório de Genética Molecular e Cardiologia. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas da Saúde. Belém, PA, Brasil.
Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas da Saúde. Belém, PA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Diversidade Genética Humana. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Entéricos e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Entéricos e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Grupo Integrado de Pesquisa em Biomarcadores. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Faculdade de Medicina. Cuiabá, MT, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Laboratório de Imunologia e Imunogenética em Doenças Infecciosas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Ceará. Rede de Vigilância Genômica da Fiocruz. Laboratório de Epidemiologia Molecular por Competência Analítica. Eusébio, CE, Brasil.
Universidade Federal Fluminense. Laboratório Multiusuário de Apoio à Pesquisa em Nefrologia e Ciências Médicas. Niterói, RJ, Brasil.
Universidade Federal Fluminense. Laboratório Multiusuário de Apoio à Pesquisa em Nefrologia e Ciências Médicas. Niterói, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Entéricos e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal Fluminense. Laboratório Multiusuário de Apoio à Pesquisa em Nefrologia e Ciências Médicas. Niterói, RJ, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brasil.
Grupo Hospitalar Conceição. Departamento de Análises Clínicas. Porto Alegre, RS, Brasil.
Grupo Hospitalar Conceição. Departamento de Análises Clínicas. Porto Alegre, RS, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Bioquímica e Imunologia. Laboratório de Microbiota e Imunomodulação. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso. Faculdade de Medicina. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Cuiabá, MT, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina. Hospital das Clínicas. InCor. Laboratório de Genética Molecular e Cardiologia. São Paulo, SP, Brasil.
Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas da Saúde. Belém, PA, Brasil.
Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas da Saúde. Belém, PA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hanseníase. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Genética, Ecologia e Evolução. Laboratório de Diversidade Genética Humana. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Entéricos e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Entéricos e Emergências Virais. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Grupo Integrado de Pesquisa em Biomarcadores. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brasil.
Universidade Federal de Mato Grosso. Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde. Faculdade de Medicina. Cuiabá, MT, Brasil.
Abstract
Immunogenetic factors such as human leukocyte antigen (HLA) alleles, have yielded contrasting associations with protection or increased chances of hospitalization due to COVID-19 worldwide. This case-control study included 834 patients with confirmed COVID-19 diagnosis from five Brazilian states: Ceará (n = 110), Mato Grosso (n = 192), Pará (n = 209), Rio de Janeiro (n = 211) and Rio Grande do Sul (n = 112). Genotyping was performed using the Axiom™ Human Genotyping SARS-CoV-2 array, targeting single nucleotide polymorphisms in HLA class I and II genes; HLA alleles were imputed for eight loci. Among the 15 preselected candidate alleles, only DQA1∗05:01 (p = 0.015) in the state of Ceará remained significantly associated with hospitalization. The meta-analysis of the most frequent alleles in all states revealed that HLA-DPA1∗01:03 (p = 0.0229, OR = 0.76, 95 % CI = 0.60-0.96) and HLA-DPB1∗04:01 (p = 0.0474, OR = 0.78, 95 % CI = 0.611.00) were associated with protection against hospitalization, whereas HLA-DPA1∗02:01 (p = 0.0259, OR = 1.37, 95 % CI = 1.04-1.80), HLA-DQA1∗05:01 (p = 0.0133, OR = 1.40, 95 % CI = 1.07-1.82), and HLA-DRB1∗03:01 (p = 0.0276, OR: 1.59, 95 % CI: 1.05-2.40) associated with increased risk of hospitalization. HLA evolutionary divergence (HED) scores were significantly higher among the non-hospitalized group for the HLA-A locus, which has been shown to be a protective factor for the most severe forms and consequently hospitalization due to COVID-19.
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