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Title: Avaliação de poluição biológica no Complexo de Manguinhos usando marcadores moleculares e filogenia molecular
Advisor: Dávila, Alberto Martin Rivera
Members of the board: Schama, Renata
Assef, Ana Paula
Cury, Juliano
Volotão, Eduardo
Bentancor, Gonzalo
Authors: Moura, Priscila Gonçalves
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil
Abstract: Indicares de poluição tais como Escherichia coli e coliformes totais são universalmente utilizados para avaliar a qualidade da água. No entanto, vem sendo descrito na literatura, uma série de marcadores moleculares de poluição que forneceriam uma avaliação mais precisa e abrangente de poluição em corpos hídricos. Foi avaliada a poluição biológica em três rios que percorrem o Complexo de Maguinhos (rios Faria-Timbó, Jacaré e Canal do Cunha), através do teste por PCR (Reação da polimerase em cadeia) com os marcadores moleculares 16S rRNA, uidA, nifH, HadV, T-antigen, COWP e beta-giardin para bactérias, vírus e protozoários que vem sendo utilizados como marcadores de poluição biológica, por serem microrganismos associados à humanos. Foi avaliado também o relacionamento filogenético dos marcadores de poluição através de ferramentas de filogenia molecular no MEGA versão 6, com o método de construção Neighbor-joining e matriz de distância -p, além de análises in silico para avaliar a detecção dos marcadores no metagenoma da Baía de Guanabara Todos os PCRs com os marcadores moleculares apresentaram-se positivos com exceção de Cryptosporidium spp. O resultado do sequenciamento seguido de análises in silico como BLASTN contra o banco de dados REFSEQ do NCBI (Centro Nacional para informação Biotecnológica) demonstram similaridade entre as sequências obtidas e as sequências de nucleotídeos disponíveis nas bases de dados. A filogenia mostrou pouca variabilidade entre as sequencias o que dificultou ter uma boa avaliação do relacionamento filogenético entre os marcadores. Pelo uso dos marcadores moleculares no presente estudo, fomos capazes de detectar poluição antrópica e mostrar a biodiversidade da poluição microbiológica que pode ser encontrado em águas contaminadas por esgoto
Abstract: Pollution indicators such as Escherichia coli total coliforms are universally used in the evaluation of water quality index. Nevertheless, a number of pollution molecular markers providing a more precise and wide-ranging results in studies with water bodies are being extensively described in literature. Biological pollution in three rivers coursing the Manguinhos Complex (Faria-Timbó, Jacaré and Canal do Cunha rivers) were evaluated through Polymerase Chain Reaction (PCR) whith 16S rRNA, uidA, nifH, HadV, T-antigen, COWP e beta-giardin molecular markers for bacteria, virus, and protozoan, markers biological pollution applied because of their association with humans. Phylogenetic relationships were inferred with these pollution markers using molecular phylogeny softwares MEGA version 6, with the method of construction Neighbor-joining and \201Cp\201D distance matrix, in silico approaches were also applied to detect these markes in the Baía de Guanabara Metagenome All molecular markers were positive, except for Cryptosporidium spp. Sequencing results followed by in sillico analyses using BLATN against REFSEQ database of NCBI (National Center for Biotechnology Information) showed similarity between sequences obtained and nucleotide sequences of database availablein REFSEQ. Phylogeny analyses showed low variability among the sequences studied, resulting in a not trustful relationship among pollutants. By using molecular the markers in the present study we were able to detect anthropic pollution and show the biodiversity of microbiological pollution that can be found in sewage-contaminated water
DeCS: Contaminação Biológica
Metagenômica
Filogenia
Biomarcadores
Issue Date: 2015
Citation: MOURA, P. G. Avaliação de poluição biológica no Complexo de Manguinhos usando marcadores moleculares e filogenia molecular. 2015. 100f. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2015
Date of defense: 2015-04-28
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz
Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas
Copyright: open access
Appears in Collections:IOC - PGBCS - Dissertações de Mestrado

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