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https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/55201
GENETIC RELATEDNESS OF NDM-PRODUCING KLEBSIELLA PNEUMONIAE CO-OCCURRING VIM, KPC, AND OXA-48 ENZYMES FROM SURVEILLANCE CULTURES FROM AN INTENSIVE CARE UNIT
MLST
Klebsiella Pneumoniae
Culturas de Vigilância
Resistência Microbiana
Tipagem de Sequências Multilocus
Resistência Microbiana a Medicamentos
Klebsiella Pneumoniae
Author
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract in Portuguese
Klebsiella pneumoniae é um patógeno bacteriano oportunista mais comumente associado a infecções nosocomiais, especialmente em pacientes em unidades de terapia intensiva (UTI). Culturas de vigilância de rotina para Enterobacteriaceae produtoras de carbapenemase se tornaram uma prática comum para a prevenção de infecções hospitalares. O objetivo deste estudo foi investigar a relação genética de K. pneumoniae resistente a carbapenem e portadora de bla NDMgene através do esquema de tipagem de sequência multilocus (MLST). Swabs retais de vigilância de 4.463 pacientes de UTI internados no hospital do Rio de Janeiro (março de 2016-2017) foram selecionados no CHROMagar mSuperCARBA. Destes, 631 isolados foram submetidos ao sistema VITEK 2 para identificação microbiana fenotípica e teste de sensibilidade aos antibióticos. De 631 isolados, 108 foram identificados como K. pneumoniae , 103 dos quais foram confirmados por PCR do espaçador transcrito interno 16S-23S rDNA (ITS). Onze isolados bla NDM- positivos foram subsequentemente selecionados para bla KPC , bla BKC , bla IMP , bla VIM , bla SPM ,genes bla OXA-48 e mcr -1-8. Vinte e sete por cento (3/11) revelaram coocorrência com KPC, OXA-48 e VIM, 46% (5/11) com KPC e VIM e 18% (2/11) com tipo VIM. Nenhuma cepa abrigou o bla BKC , bla SPM , bla IMP e mcr-1 a 8 genes de resistência. Todos os 11 isolados foram resistentes a β-lactâmicos, ciprofloxacina 90%, tigeciclina 82%, gentamicina 73% e amicacina 18%, e foram classificados como multirresistentes (MDR), extensivamente resistentes a medicamentos (XDR) e resistentes a pandrogas (PDR) . Dados de epidemiologia molecular baseados em MLST revelaram 11 STs diferentes, 8 dos quais eram novos e 3 foram descritos anteriormente. Seis dos oito novos STs foram associados a cepas MDR e PDR e dois complexos clonais foram relatados, incluindo CC258 e CC15. A coexistência de K. pneumoniae produtora de NDM e outras carbapenemases tem sido freqüentemente descrita em todo o mundo. Além disso, relatamos pela primeira vez K. pneumoniae co-abrigando até quatro carbapenemases de culturas de vigilância ativa.
Abstract
Klebsiella pneumoniae is an opportunistic bacterial pathogen most commonly associated with nosocomial infections, especially in intensive care unit (ICU) patients. Routine surveillance cultures for carbapenemase-producing Enterobacteriaceae have become a common practice for hospital infection prevention. The objective of this study was to investigate the genetic relatedness of carbapenem-resistant K. pneumoniae carrying blaNDM gene across multilocus sequence typing (MLST) scheme. Surveillance rectal swabs from 4,463 ICU patients admitted to the Rio de Janeiro hospital (March 2016–2017) were screened on CHROMagar mSuperCARBA. Of these, 631 isolates were subjected to VITEK 2 system for phenotypic microbial identification and antibiotic susceptibility testing. Out of 631 isolates, 108 were identified as K. pneumoniae, 103 of which were confirmed by PCR of 16S–23S rDNA internal transcribed spacer (ITS). Eleven blaNDM-positive isolates were subsequently screened for blaKPC, blaBKC, blaIMP, blaVIM, blaSPM, blaOXA-48, and mcr-1-8 genes. Twenty-seven percent (3/11) revealed co-occurrence with KPC, OXA-48, and VIM, 46% (5/11) with KPC and VIM, and 18% (2/11) with VIM type. No strains harbored the blaBKC, blaSPM, blaIMP, and mcr-1 to 8 resistance genes. All 11 isolates were resistant to β-lactams, ciprofloxacin 90%, tigecycline 82%, gentamicin 73%, and amikacin 18%, and were classified as multidrug resistant (MDR), extensively drug resistant (XDR), and pandrug resistant (PDR). Molecular epidemiology data based on MLST revealed 11 different STs, 8 of which were novel and 3 were previously described. Six out of the eight new STs were associated with MDR and PDR strains and two clonal complexes were reported, including CC258 and CC15. The coexistence of NDM-producing K. pneumoniae and other carbapenemase has been frequently described worldwide. Moreover, we report for the first time K. pneumoniae co-harboring up to four carbapenemases from active surveillance cultures.
Keywords in Portuguese
CarbapenemaseMLST
Klebsiella Pneumoniae
Culturas de Vigilância
Resistência Microbiana
DeCS
CarbapenêmicosTipagem de Sequências Multilocus
Resistência Microbiana a Medicamentos
Klebsiella Pneumoniae
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