Please use this identifier to cite or link to this item: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60822

Type
Article
Copyright
Open access
Sustainable Development Goals
03 Saúde e Bem-Estar
Collections
Share

Statistics
Metadata
Show full item record

GENOMIC EPIDEMIOLOGY UNVEILS THE DYNAMICS AND SPATIAL CORRIDOR BEHIND THE YELLOW FEVER VIRUS OUTBREAK IN SOUTHERN BRAZIL
Giovanetti, Marta et al. | Date Issued: 2023
Author
Giovanetti, Marta
Pinotti, Francesco
Zanluca, Camila
Fonseca, Vagner
Nakase, Taishi
Koishi, Andrea Cristine
Tscha, Marcel
Soares, Guilherme
Dorl, Gisiane Gruber
Marques, Antônio Ernesto M. L.
Sousa, Renato
Adelino, Talita Emile Ribeiro
Xavier, Joilson
Oliveira, Carla de
Patroca, Sandro
Guimaraes, Natalia Rocha
Fritsch, Hegger
Mares-Guia, Maria Angélica
Levy, Flavia
Passos, Pedro Henrique
Silva, Vinicius Leme da
Pereira, Luiz Augusto
Mendonça, Ana Flávia
Macêdo, Isabel Luana de
Sousa, Davi Emanuel Ribeiro de
Costa, Gabriela Rodrigues de Toledo
Castro, Marcio Botelho de
Andrade, Miguel de Souza
Abreu, Filipe Vieira Santos de
Campos, Fabrício Souza
Iani, Felipe Campos de Melo
Pereira, Maira Alves
Cavalcante, Karina Ribeiro Leite Jardim
Freitas, Andre Ricardo Ribas de
Albuquerque, Carlos Frederico Campelo de
Macário, Eduardo Marques
Anjos, Marlei Pickler Debiasi dos
Ramos, Rosane Campanher
Campos, Aline Alves Scarpellini
Pinter, Adriano
Chame, Marcia
Abdalla, Livia
Riediger, Irina Nastassja
Ribeiro, Sérvio Pontes
Bento, Ana I.
Oliveira, Tulio de
Freitas, Carla
Moura, Noely Fabiana Oliveira de
Fabri, Allison
Rodrigues, Cintia Damasceno dos Santos
Santos, Carolina Cardoso dos
Almeida, Marco Antonio Barreto de
Santos, Edmilson dos
Cardoso, Jader
Augusto, Douglas Adriano
Krempser, Eduardo
Mucci, Luís Filipe
Gatti, Renata Rispoli
Cardoso, Sabrina Fernandes
Fuck, João Augusto Brancher
Lopes, Maria Goretti David
Belmonte, Ivana Lucia
Silva, Gabriela Mayoral Pedroso da
Soares, Maiane Regina Ferreira
Castilhos, Marilia de Melo Santos de
Silva, Joseana Cardoso de Souza e
Bisetto Junior, Alceu
Pouzato, Emanuelle Gemin
Tanabe, Laurina Setsuko
Arita, Daniele Akemi
Matsuo, Ricardo
Raymundo, Josiane dos Santos
Silva, Paula Cristina Linder
Silva, Ana Santana Araújo Ferreira
Samila, Sandra
Carvalho, Glauco
Stabeli, Rodrigo
Navegantes, Wildo
Moreira, Luciano Andrade
Ferreira, Alvaro Gil A.
Pinheiro, Guilherme Garcia
Nunes, Bruno Tardelli Diniz
Medeiros, Daniele Barbosa de Almeida
Cruz, Ana Cecília Ribeiro
Cunha, Rivaldo Venâncio da
Voorhis, Wes Van
Filippis, Ana Maria Bispo de
Almiron, Maria
Holmes, Edward C.
Ramos, Daniel Garkauskas
Romano, Alessandro
Lourenço, José
Alcantara, Luiz Carlos Junior
Santos, Claudia Nunes Duarte dos
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Department of Science and Technology for Humans and the Environment. Università of Campus Bio-Medico di Roma. Italy.
Department of Zoology. University of Oxford. Oxford, UK.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Organização Pan-Americana da Saúde. Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Nuffield Department of Medicine. University of Oxford. Oxford, United Kingdom.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade Federal do Paraná. Hospital Veterinário. Laboratório de Patologia Veterinária. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Universidade Federal de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Pará, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil. / Universidade Federal de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros. Goiânia, Goiás, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros. Goiânia, Goiás, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros. Goiânia, Goiás, Brasil.
Universidade de Brasília. Campus Darcy Ribeiro. Laboratório de Patologia Veterinária. Brasília, DF, Brasil.
Universidade de Brasília. Campus Darcy Ribeiro. Laboratório de Patologia Veterinária. Brasília, DF, Brasil.
Secretaria do Estado de Governo do Distrito Federal. Diretoria de Vigilância Ambiental em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Universidade de Brasília. Campus Darcy Ribeiro. Laboratório de Patologia Veterinária. Brasília, DF, Brasil / Universidade de Brasília. Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária. Programa de Pós-Graduação em Ciências Animais. Brasília, DF, Brasil.
Universidade de Brasília. Instituto de Ciências Biológicas. Departamento de Biologia Celular. Laboratório Baculovírus. Brasília, DF, Brasil.
Instituto Federal do Norte de Minas Gerais. Laboratório de Comportamento de Insetos. Montes Claros, MG, Brasil.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Ciências Básicas da Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Faculdade de Medicina São Leopoldo Mandic. Campinas, SP, Brasil.
Organização Pan-Americana da Saúde. Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina. Superintendência de Vigilância em Saúde. Florianópolis, SC, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina. Superintendência de Vigilância em Saúde. Laboratório central de Saude Publica de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil.
Secretaria Estadual da Saúde do Rio Grande do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil.
Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Universidade de São Paulo. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia. Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal. São Paulo, SP, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratório de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Universidade Federal de Ouro Preto. Laboratório de Ecologia do Adoecimento & Florestas. Ouro Preto, MG, Brasil.
Pandemic Prevention Initiative. The Rockefeller Foundation. Washington DC, USA.
School of Data Science and Computational Thinking. Faculty of Science and Faculty of Medicine and Health Sciences. Stellenbosch University. Stellenbosch, South Africa.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Brasília. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul. Centro Estadual de Vigilância em Saúde. Porto Alegre, RS, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre. Centro de Informação em Saúde Silvestre. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Presidência. Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre. Centro de Informação em Saúde Silvestre. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Secretaria de Estado de Saúde de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil / Secretaria de Estado de Saúde de São Paulo. Coordenadoria de Controle de Doenças. São Paulo, SP, Brasil / Instituto Pasteur. São Paulo, SP, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil / Universidade Federal de Santa Catarina. Departamento de Biologia Celular, Embriologia e Genética. Florianópolis, SC, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina. Diretoria de Vigilância Epidemiológica. Florianópolis, SC, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Secretaria de Estado da Saúde do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Organização Pan-Americana da Saúde. Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Organização Pan-Americana da Saúde. Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Grupo Mosquitos Vetores: Endossimbiontes e Interação Patógeno-Vetor. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Grupo Mosquitos Vetores: Endossimbiontes e Interação Patógeno-Vetor. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil.
Instituto Evandro Chagas. Belém, PA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Center for Emerging and Re-emerging Infectious Diseases. University of Washington. Seattle, WA, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Pan American Health Organization. World Health Organization. Washington, DC, USA.
University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Universidade de Lisboa. Instituto de Biossistemas e Ciências Integrativas. Lisboa, PT, Portugal.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavívirus. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.
Department of Science and Technology for Humans and the Environment. Università of Campus Bio-Medico di Roma. Italy.
Abstract
Despite the considerable morbidity and mortality of yellow fever virus (YFV) infections in Brazil, our understanding of disease outbreaks is hampered by limited viral genomic data. Here, through a combination of phylogenetic and epidemiological models, we reconstructed the recent transmission history of YFV within different epidemic seasons in Brazil. A suitability index based on the highly domesticated Aedes aegypti was able to capture the seasonality of reported human infections. Spatial modeling revealed spatial hotspots with both past reporting and low vaccination coverage, which coincided with many of the largest urban centers in the Southeast. Phylodynamic analysis unraveled the circulation of three distinct lineages and provided proof of the directionality of a known spatial corridor that connects the endemic North with the extra-Amazonian basin. This study illustrates that genomics linked with eco-epidemiology can provide new insights into the landscape of YFV transmission, augmenting traditional approaches to infectious disease surveillance and control.
Keywords
Yellow Fever
Yellow fever virus
Vaccination Coverage
Communicable Disease Control
Molecular Epidemiology
 
Keywords in Spanish
Fiebre Amarilla
Virus de la Fiebre Amarilla
Cobertura de Vacunación
Control de Enfermedades Transmisibles
Epidemiología Molecular
 
DeCS
Febre Amarela
Vírus da Febre Amarela
Cobertura Vacinal
Controle de Doenças Transmissíveis
Epidemiologia Molecular
 
Publisher
American Association for the Advancement of Science
Citation
GIOVANETTI, Marta et al. Genomic epidemiology unveils the dynamics and spatial corridor behind the Yellow Fever virus outbreak in Southern Brazil. Science Advances, v. 9, n. 35, p. 1-12, Sep. 2023.
DOI
10.1126/sciadv.adg9204
ISSN
2375-2548