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Title: Identificação, susceptibilidade antimicrobiana e identificação filogenética de Escherichia coli isoladas de queijo minas frescal
Advisor: Marin, Victor Augustus
Members of the board: Zamith, Helena Pereira da Silva
Tancredi, Rinaldini Coralini Philippo
Machado, Eliana Rodrigues
Marin, Victor Augustus
Abrantes, Shirley de Mello Pereira
Authors: Pires, Bruna Amatto Duarte
Coadvisor: Abrantes, Shirley de Mello Pereira
Affilliation: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract: A descoberta dos antibióticos e a sua utilização em terapia anti-infecciosa constituiu um progresso inquestionável da medicina do século XX. No entanto, a eficácia dos agentes antibacterianos foi rapidamente superada pela capacidade que as bactérias têm de se oporem à sua ação. Estas podem adquirir resistência aos antibióticos, quer pela modificação do seu genoma por mutação, quer por incorporação dos genes provenientes de outros microrganismos por diferentes sistemas de transferência genética. O uso intensivo de agentes antimicrobianos em animais para uso alimentar contribuiu para o surgimento e disseminação de bactérias resistentes nos seres humanos, em especial cepas de E. coli com diversos fenótipos resistentes aos antibióticos. O objetivo deste estudo foi o isolamento, identificação, avaliação da sensibilidade a antimicrobianos, pesquisa de genes de resistência e caracterização filogenética de estirpes de Escherichia coli isoladas de queijo Minas Frescal. Foram avaliadas trinta amostras de queijo Minas Frescal e todas apresentaram contaminação por E.coli. Foram então avaliados trinta isolados de E.coli através do Teste de Sensibilidade Antimicrobiana para dezessete agentes antimicrobianos e quinze isolados (50%) apresentaram resistência a uma ou mais classes de antimicrobianos. Os isolados que apresentaram resistência fenotípica foram também examinados quanto a presença de 24 genes de resistência antimicrobiana através de Reação em Cadeia e Polimerase (PCR) e PCR Multiplex, e todos amplificaram para um ou mais genes de resistência. A presença dos genes intI1, intI2, intI3 e as regiões variáveis dos integrons de classe 1 e de classe 2 foram examinados através de PCR. Um dos isolados analisados foi positivo para o integron de classe 1 e para o integron de classe I variável, um segundo isolado amplificou para o integron de classe 2, 3 e também para o intergron de classe II variável. Outros quatro isolados amplificaram apenas para o integron de classe I variável e um último isolado para o integron de classe 3. Para o estudo filogenético os trinta isolados de E.coli foram avaliados para verificar se pertenciam a um dos 8 filogrupos já conhecidos: A, B1, B2, C, D, E, F e o clado I. Nenhum dos isolados amplificou para nenhum dos 4 genes descritos na PCR quadruplex, quando isso ocorre o próprio estudo de referência indica que deve ser realizada a PCR para clados crípticos a fim de identificar se esses isolados são pertencentes a algum dos cinco clados crípticos existentes. O resultado foi negativo para os cinco clados crípticos avaliados, sendo assim, não foi possível a caracterização filogenética dos isolados de E.coli.
Abstract: The discovery of antibiotics and its use in anti-infections therapy has been an undeniable progress of the twenty century medicine. Nevertheless, the efficiency of antibacterial agents has been fastly overcome by the capacity of bacteria to oppose to its action. Bacteria can acquire resistance to antibiotics by modification in its genome by mutation or by incorporation of genes originated by other microorganisms from different transference of genetic systems. The intensive use of antimicrobial agents in animals for food usage has contributed for the appearance and dissemination of resistant bacteria in human beings, especially E.coli strains with different phenotype resistant to antibiotics. The objective of this study was the isolation, identification, evaluation of antimicrobial susceptibility and philogenetic characterization of Escherichia coli strains, isolated from Minas Frescal cheese. Thirty samples of Minas Frescal cheese were evaluated and all were contaminated by E. coli. Thirty E. coli isolates were evaluated through the the Antimicrobial Sensitivity Test for seventeen antimicrobial agents and fifteen isolates (50%) presented resistance to one or more classes of antimicrobial. Isolates that showed phenotypic resistance were also examined for the presence of 24 antibiotic resistance genes by Polymerase chain reaction (PCR) and Multiplex PCR, and all isolates amplified for one or more resistance genes.The presence of Int 1, Int2, Int3 genes and the variable regions of integrons of class 1 and 2 were examined through PCR. One of the isolates analyzed was positive for class 1 and for variable class 1 integron. Another isolate amplified for class 2, 3 integron and for variable class 2 integron. Four others isolates amplified only for variable class 1 integron and one last isolate amplified for class 3 integron. For the phylogenetic characterization, the thirty E. coli isolates were evaluated to verify if they belonged to one of the eight acknowledged phylogroups: A, B1, B2, C, D, E, F and clade I. None of the isolates amplified for none of the four genes described in quadruplex PCR. When this happens, the benchmark study indicates that PCR for cryptic clades should be performed, in order to identify if those isolates belong to any of the five existing cryptic clades. Such investigation was carried out and the result was negative for the five cryptic clades evaluated; not being possible the phylogenetic characterization of E. coli isolates.
Keywords: Antimicrobial resistance
Escherichia coli
Integron
Phylogenetic characterization
Minas frescal cheese
keywords: Escherichia coli
Caracterização filogenética
Resistência Antimicrobiana
Vigilância Sanitária
Queijo Minas Frescal
Integron
DeCS: Queijo
Escherichia coli
Microbiologia de Alimentos
Contaminação de Alimentos
Controle de Qualidade
Issue Date: 2017
Citation: PIRES, B. A. D. Identificação, susceptibilidade antimicrobiana e identificação filogenética de Escherichia coli isoladas de queijo minas frescal. 2017. 79 f. Tese (Doutorado em Vigilância Sanitária)-Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2017.
Date of defense: 2017
Place of defense: Rio de Janeiro/RJ
Department: Coordenação de Pós Graduação
Defense institution: Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde
Program: Programa de Pós-Graduação em Vigilância Sanitária
Copyright: open access
Appears in Collections:INCQS - Teses de Doutorado

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