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HUMAN OUTBREAKS OF A NOVEL REASSORTANT OROPOUCHE VIRUS IN THE BRAZILIAN AMAZON REGION
Author
Naveca, Felipe Gomes
Almeida, Tatiana Amaral Pires de
Souza, Victor Costa de
Nascimento, Valdinete Alves do
Silva, Dejanane Silva e
Nascimento, Fernanda Oliveira do
Contreras Mejía, Matilde Del Carmen
Oliveira, Yasmin Silva de
Rocha, Luisa
Xavier, Natana Ferreira de Oliveira
Lopes, Janis
Maito, Rodrigo Melo
Meneses, Cátia Alexandra Ribeiro
Ramos, Tatyana Costa Amorim
Gonçalves, Luciana Mara Fé
Camelo, Fernanda Sindeaux
Silva, Samyly Coutinho de Aguiar
Melo, Alexsandro Xavier de
Fernandes, Leíse Gomes
Oliveira, Marco Aurélio Almeida de
Arcanjo, Ana Ruth Lima
Araújo, Guilherme Alfredo Novelino
André Júnior, Walter
Carvalho, Renata Lia Coragem de
Rodrigues, Rosiane
Albuquerque, Stella
Mattos, Cristiane
Silva, Ciciléia
Linhares, Aline
Rodrigues, Taynã
Mariscal, Francy Anny Ribeiro Montero
Morais, Márcia Andréa
Presibella, Mayra Marinho
Marques, Nelson Fernando Quallio
Paiva, Anne
Ribeiro, Karina
Dallacqua, Deusilene Souza Vieira
Queiroz, Jackson Alves da Silva
Silva, Ana Maísa Passos da
Abdalla, Lígia Fernandes
Santos, João Hugo Abdalla
Figueiredo, Regina Maria Pinto de
Cruz, Ana Cecília Ribeiro
Casseb, Livia Medeiros Neves
Chiang, Jannifer Oliveira
Frutuoso, Livia Carla Vinhal
Rossi, Ágata Pereira
Freitas, Lucas Araujo
Campos, Túlio de Lima
Wallau, Gabriel da Luz
Moreira, Emerson
Lins Neto, Roberto Dias
Alexander, Laura W.
Sun, Yining
Filippis, Ana Maria Bispo de
Gräf, Tiago
Gomes, Ighor Leonardo Arantes
Bento, Ana I.
Delatorre, Edson Oliveira
Bello Bentancor, Gonzalo José
Almeida, Tatiana Amaral Pires de
Souza, Victor Costa de
Nascimento, Valdinete Alves do
Silva, Dejanane Silva e
Nascimento, Fernanda Oliveira do
Contreras Mejía, Matilde Del Carmen
Oliveira, Yasmin Silva de
Rocha, Luisa
Xavier, Natana Ferreira de Oliveira
Lopes, Janis
Maito, Rodrigo Melo
Meneses, Cátia Alexandra Ribeiro
Ramos, Tatyana Costa Amorim
Gonçalves, Luciana Mara Fé
Camelo, Fernanda Sindeaux
Silva, Samyly Coutinho de Aguiar
Melo, Alexsandro Xavier de
Fernandes, Leíse Gomes
Oliveira, Marco Aurélio Almeida de
Arcanjo, Ana Ruth Lima
Araújo, Guilherme Alfredo Novelino
André Júnior, Walter
Carvalho, Renata Lia Coragem de
Rodrigues, Rosiane
Albuquerque, Stella
Mattos, Cristiane
Silva, Ciciléia
Linhares, Aline
Rodrigues, Taynã
Mariscal, Francy Anny Ribeiro Montero
Morais, Márcia Andréa
Presibella, Mayra Marinho
Marques, Nelson Fernando Quallio
Paiva, Anne
Ribeiro, Karina
Dallacqua, Deusilene Souza Vieira
Queiroz, Jackson Alves da Silva
Silva, Ana Maísa Passos da
Abdalla, Lígia Fernandes
Santos, João Hugo Abdalla
Figueiredo, Regina Maria Pinto de
Cruz, Ana Cecília Ribeiro
Casseb, Livia Medeiros Neves
Chiang, Jannifer Oliveira
Frutuoso, Livia Carla Vinhal
Rossi, Ágata Pereira
Freitas, Lucas Araujo
Campos, Túlio de Lima
Wallau, Gabriel da Luz
Moreira, Emerson
Lins Neto, Roberto Dias
Alexander, Laura W.
Sun, Yining
Filippis, Ana Maria Bispo de
Gräf, Tiago
Gomes, Ighor Leonardo Arantes
Bento, Ana I.
Delatorre, Edson Oliveira
Bello Bentancor, Gonzalo José
Affilliation
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil / Governo do Estado Amazonas. Fundação Centro de Controle de Oncologia do Estado do Amazonas. Diretoria de Ensino e Pesquisa. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Acre. Rio Branco, AC, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Acre. Rio Branco, AC, Brasil.
Governo do Acre. Secretaria de Estado da Saúde. Núcleo de Doenças de Transmissão Vetorial. Rio Branco, AC, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil.
Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Universidade Federal do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Medicina Tropical Dr. Heitor Vieira Dourado. Gerência de Virologia. Manaus, AM, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Departamento de Doenças Transmissíveis. Coordenação-Geral de Vigilância de Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Patologia. Laboratório de Genômica e Ecologia Viral. Vitória, ES, Brasil.
Global Data Science Initiative. Munich, Germany.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / National Reference Center for Tropical Infectious Diseases. WHO Collaborating Center for Arbovirus and Hemorrhagic Fever Reference and Research. Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine. Department of Arbovirology. Bernhard-Nocht-Straße, Hamburg, Germany.
Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
University of California. Department of Integrative Biology. Berkeley, CA, USA.
Cornell University. College of Veterinary Medicine. Department of Public and Ecosystem Health. Ithaca, NY, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Cornell University. College of Veterinary Medicine. Department of Public and Ecosystem Health. Ithaca, NY, USA.
Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Patologia. Laboratório de Genômica e Ecologia Viral. Vitória, ES, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil / Governo do Estado Amazonas. Fundação Centro de Controle de Oncologia do Estado do Amazonas. Diretoria de Ensino e Pesquisa. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Núcleo de Vigilância de Vírus Emergentes, Reemergentes ou Negligenciados. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Roraima. Boa Vista, RR, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas - Dra. Rosemary Costa Pinto. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública de Rondônia. Porto Velho, RO, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Acre. Rio Branco, AC, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Acre. Rio Branco, AC, Brasil.
Governo do Acre. Secretaria de Estado da Saúde. Núcleo de Doenças de Transmissão Vetorial. Rio Branco, AC, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Laboratório Central de Saúde Pública do Paraná. Curitiba, PR, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Ministério da Saúde. Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Rondônia. Laboratório de Virologia Molecular. Porto Velho, RO, Brasil.
Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Universidade Federal do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.
Fundação de Medicina Tropical Dr. Heitor Vieira Dourado. Gerência de Virologia. Manaus, AM, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas. Ananindeua, PA, Brasil.
Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Departamento de Doenças Transmissíveis. Coordenação-Geral de Vigilância de Arboviroses. Brasília, DF, Brasil.
Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Patologia. Laboratório de Genômica e Ecologia Viral. Vitória, ES, Brasil.
Global Data Science Initiative. Munich, Germany.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / National Reference Center for Tropical Infectious Diseases. WHO Collaborating Center for Arbovirus and Hemorrhagic Fever Reference and Research. Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine. Department of Arbovirology. Bernhard-Nocht-Straße, Hamburg, Germany.
Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.
University of California. Department of Integrative Biology. Berkeley, CA, USA.
Cornell University. College of Veterinary Medicine. Department of Public and Ecosystem Health. Ithaca, NY, USA.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Carlos Chagas. Laboratório de Virologia Molecular. Curitiba, PR, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Cornell University. College of Veterinary Medicine. Department of Public and Ecosystem Health. Ithaca, NY, USA.
Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências da Saúde. Departamento de Patologia. Laboratório de Genômica e Ecologia Viral. Vitória, ES, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Abstract
The Brazilian western Amazon is experiencing its largest laboratory-confirmed Oropouche virus (OROV) outbreak, with more than 6,300 reported cases between 2022 and 2024. Here, we sequenced and analyzed 382 OROV genomes from human samples collected in Amazonas, Acre, Rondônia, and Roraima states, between August 2022 and February 2024, to uncover the origin and genetic evolution of OROV in the current outbreak. Genomic analyses revealed that the upsurge of OROV cases in the Brazilian Amazon coincides with spread of a novel reassortant lineage containing the M segment of viruses detected in the eastern Amazon region (2009-2018) and the L and S segments of viruses detected in Peru, Colombia, and Ecuador (2008-2021). The novel reassortant likely emerged in the Amazonas state between 2010 and 2014 and spread through long-range dispersion events during the second half of the 2010s. Phylodynamics reconstructions showed that the current OROV spread was mainly driven by short-range (< 2 km) movements consistent with the flight range of vectors. Nevertheless, a substantial proportion (22%) of long-range (> 10 km) OROV migrations were also detected, consistent with viral dispersion by humans. Our data provides a view of the unprecedented spread and evolution of OROV in Brazilian western Amazon region.
Publisher
Nature Research
Citation
NAVECA, Felipe Gomes et al. Human outbreaks of a novel reassortant Oropouche virus in the brazilian Amazon region. Nature Medicine, p. 1-52, 18 Sept. 2024.DOI
10.1038/s41591-024-03300-3ISSN
1078-8956Notes
Produção científica do Laboratório de Arbovírus e Vírus Hemorrágicos.Related items
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